福建省眼科研究所現有病床58張。購置了瑞士leica手術顯微鏡、Alcon玻璃體切割機、Storz超聲乳化儀、美國博士倫Millennium顯微手術系統、德國蔡司氬離子雷射治療機、Keeler多功能co2冷凍器；德國ROLAND多焦多功能電生理儀、CanonCF-60Uvi脈絡膜螢光造影機、S0NO-OCT；進口高級裂隙燈角膜顯微鏡、加拿大OTi三維眼科A\B超、活體超聲生物顯微鏡、角膜測厚儀、角胞膜內皮細計數儀、間接眼底鏡、非接觸性眼壓計；美國博士倫最新型準分子雷射原位角膜磨鑲機、英國2001型同視機、日本佳能及托普康電腦驗光機、鏡片測度儀、角膜曲率計；淚道雷射機、德國蔡司第二代YAG雷射治療機、OCTOPUS全自動電腦視野計等一整套眼科先進的診療設施。病區內設有功能齊全的眼科手術室，配有主管護師2人、手術台四張、手術顯微鏡四台。每年完成各種眼科手術2300多台，能開展複雜視網膜脫離、玻璃體切割、白內障超聲乳化人工晶體植入、角膜移植、垂直肌、斜肌麻痹性斜視、眼球震顫矯正術、淚道重建、後極部異物及非磁性眼內異物取出術、眼成形術及眼眶腫瘤摘除等高難度手術。掛靠該院的福建省兒童弱視斜視防治中心現已發展成為全國規模最大的兒童弱視斜視防治中心之一，已診治來自全國20多個省市及港、澳、台、印尼、新加坡、美國、日本的弱視兒童幾十萬人，寒暑假期間日診療量達500-600人，有效率97%，治癒率達80%，居全國先進水平。
福建省眼科研究所具有雄厚的臨床和基礎科研能力。近年來承擔的《糖性白內障的免疫組化和超微結構研究》、《坐骨神經移植對大鼠視神經再生影響的實驗研究》、《囊膜上與挖碗式超聲乳化白內障人工晶體植入術臨床研究》、《弱視斜視發病機理系列研究》、《翼狀胬肉超微結構及其臨床系列研究》等研究課題獲省政府科技進步三等獎。
福建省醫學會眼科學分會掛靠福建省眼科研究所，徐國興教授任主任委員。福建省眼科研究所系國家眼科臨床藥理研究基地，“視覺第一 中國行動”福建省培訓基地，福建省科委優先發展學科，福建醫大眼科學碩士及博士研究生培養點，每年還承擔國家級眼科新進展學習班、福建省驗光配鏡學習班、福建省眼科新進展學習班及福建省高年眼科住院醫師進修班等省衛生廳繼續醫學教育任務及國家級眼科繼續醫學教育辦班任務，為我國培養了大批眼科學人才，為全省130多所省、地、市、縣醫院及婦幼保健院、防疫站培訓了眼科專業技術人才，為提高人民的健康水平作貢獻。
