在整個波多黎各島分別設有11個校區，遍布在波多黎各自由邦各地區，其中石河分校最大（可容納15000名學生），其它校區為中等規模（可容納2000至15000名學生）。每個校區都獲得了美國中部諸州高等院校協會（Middle States Association of Colleges and Schools）的認可，意味著波多黎各大學石河分校頒發的學位證書獲得了美國研究生院校的認可。波多黎各大學石河分校可提供各種學術課程（從準學位到博士學位），幾乎囊括了所有專業領域如自然與社會科學、人文科學、教育、建築、商務與工程學。由於該校分校眾多，波多黎各大學石河分校可提供300個準學位及學士學位課程，128個碩士課程以及27個博士課程。學生與教師的比例是20：1。
