劇情介紹：
水都，小精靈水上衝浪比賽，拉提亞斯想幫小智，結果小鋸鱷卻走錯方向。小霞以微弱差距獲得冠軍。
亞軍載小智等人遊覽水都，並講述這個城市的美麗傳說。
發現桑蘭與莉奧的火箭隊，決定先她們一步，成為新的小偷NO.1。
桑蘭與莉奧追捕變成人形卡儂的拉提亞斯，小智英雄救美，拉迪亞斯跑得無影無蹤。
小智等人參觀博物館，看到真正卡儂，小智上前搭話，被罵。小智一路追趕卡儂，又遇到了變成人形卡儂的拉迪亞斯，被帶入神秘花園。
小智與卡儂和博物館的爺爺化解誤會，了解心靈水珠的美麗傳說，回去與小霞、小剛匯合。
桑蘭與莉奧行動開始！拉迪奧斯為了救拉迪亞斯被抓住，心靈水珠也被搶走。拉迪亞斯變成人形跑去找小智求援，在小霞、小剛面前現出真實面目。
武藏小次郎依然肩負起跑龍套的重任……
莉奧利用拉迪奧斯與心靈水珠的力量開始發飆。
小霞、小剛被突然出現的鐵柵欄困住，小智與拉迪亞斯勇往直前，擺脫復活的化石神奇寶貝的追殺，終於救出拉迪奧斯，但此時心靈水珠藉由古代機器發動的巨大潮水即將摧毀城市……
已是奄奄一息的拉迪奧斯為了保護水都和妹妹而犧牲。
最後，碼頭邊，卡儂\拉迪亞斯（有爭議）送給小智一幅畫，在小智臉旁一吻告別……
當然還有，桑蘭與莉奧在牢中繼續研究著她們未來的小偷事業，武藏小次郎則繼續著他們未來的跑龍套事業……
守護神介紹：
拉提亞斯
﹙又譯:拉迪亞斯﹚【日文：ラティアス】【英文：Latias】 動畫《寵物小精靈》(又譯《神奇寶貝》)的2002年劇場版-水の都の護神 ラティアスとラティオス（中譯：水都守護神 拉帝亞斯和拉帝奧斯）里出現的小精靈。外表可愛, 性格貪玩的龍系寵物小精靈。懂得隱形,變身成人形(劇場版中為卡儂)的寵物小精靈。
拉提奧斯
（又譯:拉迪奧斯）【日文：ラティオス】【英文：Latios】 動畫《寵物小精靈》(又譯《神奇寶貝》)的2002年劇場版-水の都の護神 ラティアスとラティオス（中譯：水都守護神 拉帝亞斯和拉帝奧斯）里出現的小精靈。
拉迪亞斯的哥哥，很愛護妹妹拉迪亞斯，最終為水都和妹妹犧牲。
