楊自元被顏先春囚禁後，彭厚甫四處奔走，為楊自元伸冤求救。張德聽到訊息，便買通箇舊廠務同知王鎮邦，以廠務爭端為由，將楊自元押解到箇舊審理，並在岈巴山埋伏殺手，企圖在押解途中將楊自元殺害。楊自元的弟弟探聽到訊息後，邀約鄰近礦硐大莊丫口農民李彎三（彝族）等十多人，在岈巴山前的剪子口埋伏，當檻車過時，殺散押役，奮力救出楊自元，藏於松樹坡一夥房內。
這時，清政府把滇越鐵路修築權拱手讓給法帝國主義。法國工程師吉理默勘測路線，強占民田，強拆民房。世傳“洋人來的目的是要謀奪箇舊礦山”，箇舊、蒙自、建水一帶人民聽後群情激憤，不願讓洋人來肆意掠奪。楊自元國恨家仇攻心，決心攻殺洋人。並約李彎三以找官府算帳、阻止洋人修路為口號，在大屯一帶聚集彝漢礦工和農民一千多人，於光緒二十五年（1899年6月?21日）?夜攻襲蒙自城。因城內官兵閉門固守，未能攻破，便轉攻蒙自海關。蒙自海關附近就是法國駐蒙自領事館。法國領事宋嘉銘及蒙自海關稅務司斯必立（美國人），率巡丁、衛隊抵抗，憑牆固守八九個小時，義軍久攻不下，便於天亮前放火焚燒稅務司署，燒毀了稅務司署大門及房屋數間。然後楊自元率隊在天亮前返回大屯、古山和楊家寨。23日，臨元鎮派兵圍攻大屯、古山、楊家寨，義軍潰散，李彎三及義軍十餘名在楊家寨被捕，鏇遭殺害，斬首示眾。楊自元隻身逃往江外（紅河）逢春嶺，後來又轉移到元江、思茅一帶，伺機準備發動更大規模的反法鬥爭。
後蒙自知縣顏先春因“逼民肇釁”，被革職查辦。鎮台劉樹元也因此事被革職。繼任知縣孫家祥派人四處搜捕楊自元，當打聽到楊自元藏在江外逢春嶺，便向逢春嶺土司龍裕光要人，龍裕光推說不知拒絕交人。後來探聽到楊自元到了元江、思茅一帶，孫家祥又派人到思茅、元江追捕，未能抓到楊自元。
光緒二十八年（1902年），楊自元偷偷回到楊家寨。族人楊成、楊紹興父子二人將楊自元回家的訊息透露給了蒙自紳士杜子學。杜當即密告孫家祥，孫家祥派官兵連夜包圍了楊自元的家。楊自元據守在房後一小碉樓上，他寡嫂不顧安危從家裡給他送子彈。楊自元頑強抵抗，擊傷官兵數人。天亮後，官兵用法國人送的火炮轟炸碉樓，炸傷楊自元的膀子。這時，大屯的一些鄉紳出面呼籲停火，他們願以身家性命擔保，要求楊自元停火，出碉商議。楊自元自思彈藥將盡，外無救援，毅然挺身而出。然而官兵不理會鄉紳們的要求，抓住楊自元，在押回縣城途中以“大股廠匪來劫犯人”為由，將楊自元殺害，割下首級，掛在城西垛口上示眾。彝民路見紛紛哭泣，深痛不己，自編民歌傳唱,“彝家英雄楊自元，領頭放火燒洋關。知縣嚇得腿打戰，鎮守聽得白眼翻。 唯有百姓心高興，笑聲震動九重天”，後蒙自名士馬竹庵將其民歌事跡收於《蒙自續修縣誌》。
