沿革
1871年（明治4年）7月，兵部省設立了陸軍參謀局。次年2月，根據太政官公告，兵部省拆分為海軍省和陸軍省，陸軍參謀局改為陸軍省參謀局。1873年4月1日，陸軍省參謀局改稱第六局，1874年2月22日又改回原狀。1875年6月18日改為陸軍省直屬機構，1878年12月改稱參謀本部，從陸軍省中獨立出來，實現了軍事行政與軍令的分離。
1886年3月，參謀本部內分設海軍部和陸軍部，分別掌管海軍和陸軍的軍令。1888年，海軍部和陸軍部分別改為海軍參謀本部和陸軍參謀本部，而陸海軍全軍參謀長稱為參軍。1889年，陸軍參謀本部長改稱參謀總長，設定海軍參謀部負責海軍軍令。1893年5月制定的海軍軍令部條例（敕令第37號）規定，陸海軍的軍令部門（陸軍的參謀本部和海軍的軍令部）在和平時期是對等的；而根據同年制定的戰時大本營條例（敕令第52號），戰時，海軍軍令權屬於作為幕僚長的陸軍參謀總長。1903年12月，根據修改後的戰時大本營條例（敕令第293號），在戰爭時期，陸海軍的軍令部門也保持對等的地位。
1945年9月，美國占領當局廢除了參謀本部。
| 1871年（明治4年）7月 | 兵部省陸軍參謀局 | 兵部省職員令 | |
| 1872年（明治5年）2月 | 陸軍省參謀局 | 太政官公告 | |
| 1878年（明治11年）12月5日 | 參謀本部 | 參謀本部條例 | |
| 1884年（明治17年）2月 | 軍事部 | ||
| 1886年（明治19年）3月18日 | 參謀本部 | 明治19年敕令 | |
| 1888年（明治21年）5月12日 | 陸軍參謀本部 | 海軍參謀本部 | 明治21年敕令第25號 |
| 1889年（明治22年）3月7日 | 參謀本部 | 海軍參謀部 | 明治22年敕令第25號、第30號 |
| 1893年（明治26年）5月19日 | 海軍軍令部 | 明治26年敕令第37號 | |
| 1933年（昭和8年）10月1日 | 軍令部 | 昭和8年軍令海第5號 | |
| 1945年（昭和20年） | 廢止 | 昭和20年軍令海第8號 |
歷任長官
1889年以前
| 陸軍參謀局都督 | 山縣有朋 | 1871年9月12日 |
| 陸軍省參謀局都督 | 山縣有朋 | 1872年4月5日 |
| 第6局長 | 空缺 | 1873年4月1日 |
| 第6局長 | 鳥尾小彌太少將 | 1873年6月19日 |
| 第6局長 | 山縣有朋中將 | 1874年2月12日 |
| 參謀局長 | 山縣有朋中將 | 1874年2月22日 |
| 參謀局長 | 鳥尾小彌太中將 | 1876年3月31日 |
| 參謀本部長 | 山縣有朋中將 | 1878年12月24日 |
| 參謀本部長 | 山縣有朋中將 | 1882年8月7日 |
| 參謀本部長 | 大山岩中將 | 1882年9月4日 |
| 參謀本部長 | 山縣有朋中將 | 1884年2月13日 |
| 參謀本部長 | 有栖川宮熾仁親王大將 | 1885年12月22日 |
| 參謀本部長 | 有栖川宮熾仁親王大將 | 1886年3月18日 |
| 參軍 | 有栖川宮熾仁親王大將 | 1888年5月14日 |
組織構成
部長為中將或少將，課長為大佐或中佐，班長為中佐或少佐。
內設機構（廢止時）
總務部、總務課、庶務班、電報班、主計官、軍醫官、教育課（第1課，昭和18年3月起課長兼任教育總監部第1課長）、第1部（部長兼任大本營兵站總監部參謀長）、作戰課（第2課）、作戰班、戰力班（昭和16年以前為兵站班）航空班（大正9年8月新設）、戰爭指導班（第1班。昭和12年12月新設）防衛班（昭和18年10月新設）、編制動員課（第3課，昭和20年4月起課長兼任陸軍省軍務局軍事課長）。
編制班、動員班、資材班、第2部、俄羅斯課（第5課）、軍備班、兵要地誌班、文書諜報班（第10班）、歐美課（第6課）、美班、英班、法班、德班、地圖班、戰況班、支那（中國）課（第7課）、支那班、兵要地誌班、謀略課（第8課）、總括班（第4班）、謀略班（第11班）、第3部（課長兼任大本營運輸通信長官）、鐵道船舶課（第10課。即運輸課）通信課（第11課）本邦戰史編纂部（昭和17年3月23日由支那事變史編纂委員會改稱）。
一度存在的機構第4部（明治29年至昭和18年間）內國戰史課（昭和11年與戰史課整合）外國戰史課（昭和11年與戰史課整合）日俄戰史編纂課（大正2年3月31日廢止）戰史課（第12課。昭和11年6月5日廢止）戰略戰術課（第13課，昭和11年8月設。課長多由戰史課長兼任）第5部（明治32年至明治41年間）。
直屬機構（廢止時）陸軍大學校
陸軍中野學校
陸地測量部
陸軍氣象部
