30多年來，歷史研究所科研人員積極開展科研活動，端正學風，嚴謹治學，取得了豐碩的科研成果，截至2007年底，共發表學術論文(含各類學術研究報告)520篇，發表其它學術文章213篇，出版專著24部、編著42部，出版歷史文獻整理26部；獲院級以上科研獎勵數十項。其中，較有代表性的集體著作主要有：《蒙古族簡史》、《中國古代北方各族簡史》、《蒙古族通史》、《中國北方民族關係史》、《土默特史》等；個人著作主要有：喬吉《蒙古佛教史》、蘇魯格《中國元代宗教史》、蘇魯格、那木斯來《簡明內蒙古佛教史》、盧明輝《清代蒙古史》、郭冠連《特睦格圖傳》、何天明《遼代政權機構史稿》、曉克主編《文化內蒙古》(第一卷)、額爾登泰、烏雲達賚《〈蒙古秘史〉校勘本》、道潤梯步《新譯簡注蒙古源流》、喬吉《恆河之流校注》、珠榮嘎《〈阿勒坦汗傳〉譯註》、阿拉騰松布爾《漢譯黃金史綱》、《古今蒙古源流》等。出版學術譯著數部，主要有：曉克譯，〔日〕宮脇淳子著《最後的遊牧帝國》、何天明譯〔日〕島田正郎著《大契丹國》、阿騰生卜爾譯《庚申外史》等。
2007年，作為國家社會科學基金重大委託項目“草原文化研究工程”成果之一，出版了曉克、何天明主編《草原文化史論》。
