協會領導機構為理事會,第三屆理事會由65名理事組成,理事成員均為全國從事水處理行業工作的領導、專家和專業技術人員。協會下設技術工作委員會、教育工作委員會、對外交流工作委員會和化學清洗單位資質評定委員會。秘書處是其常設辦事機構。
中國水處理協會目前擁有數百個團體會員和個人會員,其中包括:具有法人資格的香港澳貝斯特國際水工集團及各行業水處理技術服務企業、科研設計單位、大專院校和水處理設備、儀器、樹脂、藥劑的生產廠家、水處理設備使用單位以及從事水處理及相關工作的個人,這些會員涉及水處理各部門,遍及全國各地。
