1980—1990年,沃爾斯(Woese)等利用分子遺傳學方法,並深入到基因組層次,提出了三原界六界系統,即古細菌原界(Archaebacteria),僅有古細菌界,包括產甲烷細菌,極端嗜熱細菌和極端嗜鹽細菌;真細菌原界(Eubacteria)僅有真細菌界,包括細菌和藍藻;真核生物原界(Eucaryotes)包括原生生物界,真菌界,植物界和動物界.
