主要職責
（一）貫徹執行國家和省有關口岸、打擊走私和海防管理的方針、政策，根據本市口岸的具體情況制定實施細則。（二）組織、協調、監督本市打擊走私、海防、口岸各單位依法履行職責；協調相關單位查處走私販私案件，會同有關部門處理口岸涉外突發事件。
（三）組織打擊走私執法檢查，實施綜合治理。
（四）協調好各相關單位開展海防安全工作，組織軍警民聯防。
（五）負責全市口岸管理工作，負責編制全市一、二類開放口岸發展規劃和口岸開放、關閉的申報工作；組織協調開闢國際航線和臨時航班（含包機），協助報批外國籍交通運輸工具臨時進出非開放口岸事宜；組織協調本市口岸系統的通關建設工作。
（六）負責對口岸職工進行涉外紀律、政策、法規和加強治安的宣傳教育；負責協調和處理口岸單位涉外工作關係和組織仲裁有關口岸事務中的爭議問題。
（七）負責打擊走私和海防、口岸管理相關數據的統計和綜合分析，完善通報制度。
（八）承辦市政府和上級部門交辦的其他工作。
內設機構
根據上述職責，市海防與口岸辦公室內設4個科級職能機構：（一）綜合科
負責本單位的文秘管理工作，負責人事、組織會務、財務及行政後勤管理工作；負責組織口岸各單位搞好精神文明口岸活動；協助領導搞好調查研究，上傳下達，督查催辦等工作。
（二）海港口岸管理科
負責編制、組織實施本市海港口岸開放規劃建設，審核海港口岸的開放與關閉；預組織驗收本市開放的港口口岸新建碼頭的對外啟用和審定臨時靠泊；組織協調開闢海上國際（含港澳台）航線和外國籍交通工具臨時進出非開放海港口岸；督促、檢查、協調三亞海港口岸查驗單位做好出入境查驗監管和服務保障工作；負責直航和掛靠本市港口碼頭外籍郵輪、遊艇的管理工作；負責三亞海港口岸的綜合管理工作。
（三）空港口岸管理科
負責編制、組織實施本市空港口岸開放規劃建設，審核空港口岸的開放與關閉；組織協調外國籍航空交通工具臨時進出非開放空港口岸；協調開闢國際航線及航班；督促、檢查、協調三亞空港口岸查驗單位、機場及航空公司做好出入境查驗監管和服務保障工作；負責三亞空港口岸綜合管理工作。
（四）海防打私管理科（三亞市打擊走私綜合治理領導小組辦公室）
負責組織有關部門、單位履行海防工作職責；研究擬定我市海防管理法規，開展海防管理和執法檢查，開展專項鬥爭和綜合治理；負責反走私綜合治理工作的組織、協調、監督；負責打擊走私和海防管理相關數據的統計和綜合分析。
人員編制
市海防與口岸辦公室行政編制10名。其中：主任1名（副處級），副主任2名（正科級）；正副科級領導職數4名（不含副主任領導職數）。機關工勤人員財政預算管理事業編制1名。
