資源狀況
我國目前生產菌糠總量約900萬噸，其主要基質是鋸木屑、稻草、玉米芯、甘蔗渣、棉籽殼等多種農業秸稈及酒糟、醋糟等。據大連全禾菌業有限公司、遼寧省朝陽市食用菌研究所測定，這些基質經過多種微生物的發酵作用， 纖維素、半纖維素和木質等均已被不同程度的降解， 粗蛋白、 粗脂肪均比不經過發酵前顯著提高， 粗纖維素明顯降低，並且含有較豐富 胺基酸、菌類 多糖及Fe、Ca 、Zn、Mg等微量元素。利用食用菌菌糠開發農作物附產物作動物 飼料、 有機肥料，無凝是發展循環經濟的一條好途徑。隨著菌種的篩選培育、處理工藝的日臻完善，利用農作物秸稈和工業廢液發展“食用菌——養殖業——種植”綜合開發模式，有著廣闊前景。但今後應重點開展下列兩方面的工作，以提高菌糠的使用價值：一是採用基因工程和細胞融合等技術篩選培育產菌能力強、菌絲體生長又茂盛的菌種套用，以進一步提高菌糠的營養價值。二是結合氨化、微貯、膨化或熱噴處理技術，尋求儘可能地提高菌糠飼用價值，增加其使用比例的途徑。菌糠（培養基）可利用再生產食用菌，出完菇後菌糠餵豬，豬糞進入沼氣池產生沼氣為農戶提供燃料，沼氣渣再施入大田成為肥料，這樣形成一個循環鏈。
成分結構
食用菌能在富含纖維素的物質上生長繁殖，是因為食用菌在生長過程中，能產生大量分解纖維素、半纖維素的 複合酶，降解木質素的 過氧化酶和 漆酶，把農作物秸稈等附產物中的纖維素、半纖維素和木質素分解成葡萄糖、醌類化合物等成份供給食用菌和菌絲體生長繁殖，它的營養價值得到顯著改善。
用稻草、麥秸、乾牛糞以3：2：5的比例組成的培養基，采蘑菇5批後曬乾粉碎的菌糠，粗蛋白為10.2%、粗纖維9.32%、粗脂肪0.12%、無氮浸出物48%、鈣3.24%、磷2.1%、賴氨酸1.2%、色氨酸0.8%、蛋氨酸十胱氨酸1.2%。
以木屑或礱糠為主要原料栽培香菇的菌糠，它們的粗蛋白、粗脂肪、粗纖維、礦物質和無氮浸出物分別為8.67%、6.2%、30.58%、7.93%、42%和7.82%、8.9%、25.63%、2.79%、33.3%；
以玉米芯為原料栽培香菇的菌糠的營養含量粗纖維從36.1%下降到24.4%，木質素從13.2%下降到9.5%，粗蛋白從2%上升到9.5%。
棉籽殼菌糠中含粗蛋白質13.06%、粗纖維31.56%、粗脂肪4.20%、粗灰分10.89%、無氮浸出物33.01%、鈣0.21%、磷0.07%。
可見，食用菌培養基通過食用菌菌體的生物固氮作用、酶解作用等一系列生物轉化過程，粗蛋白質、粗脂肪含量均比不經過食用菌發酵前明顯提高，纖維素、半纖維素、木質素和抗營養因子均已被不同程度的降解，同時還產生了多種糖類、有機酸類和生物活性物質。
套用領域
菌糠飼料
菌糠具有鬆軟、氣味芳香、 適口性好、營養價值明顯提高的優點，被養殖生產中逐漸套用，成為開闢飼料來源的新途經。食用菌生長過程中一系列的生物轉化，增加了原料中有效營養成分的含量，提高了營養物質的消化利用率，增強了菌糠的適口性，是值得開發利用的一大飼料資源。
菌糠飼料在我國許多地方已推廣使用，大連全禾菌業有限公司、遼寧省朝陽市食用菌研究所研究結果表明，菌糠飼料雖然飼餵效果有差異，但總的說來，通過科學配方，菌糠飼料代替部分麥麩飼餵畜禽，既不影響畜禽的生產性能，還可降低飼養成本，提高養殖的經濟效益。
發酵過程
選擇無霉、無蟲、潔白的廢菌茼打碎，拌入適量的食鹽、過磷酸鈣、尿素和水，充分進行拌和，其加水量以用手抓菌糠，指縫間有水滲出而不下滴為宜；然後，用稀稠的人畜糞復蓋在菌糠上面，再蓋上塑膠薄膜，密封后發酵；待發酵1個星期後，對菌糠翻動1次，並拌勻，再用薄膜蓋好繼續發酵；一般發酵20天至1個月（氣溫高時發酵天數少些，氣溫低時發酵天數多些），便可用來餵魚。
1、豬：在生長豬日糧中添加含稻草和麥秸菌糠的比例20—30%，不僅豬食慾旺盛，皮膚發紅，被毛光亮，生長發育正常，而且可降低飼料成本10—25%，每增重1千克可多獲利10—17%；用20%的木屑和礱糠菌糠餵架子豬，前62天用木屑菌糠，後60天用礱糠飼喂，結果豬的平均日增重提高11.1%，每增重1千克可節約0.71克精料。用玉米芯占45%、麥秸33.3%、稻草占17.2%和麥麩占4.5%組成的培養基，在飼料中加30%，可使豬的日增重達645.9克，飼料報酬1:4.4。在每公斤含消化能2.762兆卡，粗蛋白14.78%，可消化粗蛋白113克的生長肉豬配合飼料中，以45% 的平菇菌糖代替等量麩皮，進行比較飼養，菌糠組分別比麩皮組提高13.96%和14.03%，養豬成本下降35%以上；在生長豬日糧中配入10—15%的棉籽殼菌糠，均不影響其生產性能的表現。說明用菌糠代替部份糠麩餵豬，是完全可行的。
2、家禽：在家禽飼養中使用菌糠代替部分日糧，在保持同一生產性能水平下，對降低飼料成本，提高養禽經濟效益也有明顯效果。用稻草、麥秸和乾牛糞以3:2:5比例組成的培養基的菌糠曬乾，在AA品系商品代肉用仔雞日糧中分別取代2%、4%和6%，以不取代組作為對照組的試驗結果表明，用6%的蘑菇菌糠加入日糧中效果最佳，比對照組增重提高5.8%，飼料利用率提高12.2%，成活率提高6%，單位增重飼料成本下降12.3%；在北京鴨日糧中用菌糠代替10—15%的麥麩，也不影響北京鴨的生產性能，日增重和飼料報酬與未替代組無顯著差異。用棉籽殼菌糠飼餵鵝，試驗組增重顯著高於對照組，鵝的全淨堂、半淨堂屠宰率兩組差異不顯著，且試驗組每增重1kg可以節約飼料費0.22元。表明菌糠飼料在飼養家禽方面也有套用價值。
3、家兔：菌糠亦可作家兔飼料。用20%的菌糠代替日糧中等比例的青草粉飼餵肉兔，可使日增重比對照組提高9.5%，飼料報酬提高6.5%，經濟效益提高47%；用5%的菌糠代替日糧中等比例的麩皮，可使肉兔日增重比對照組提高0.8%，飼料利用率提高2.2%，經濟效益提高32.4%，且無論用20%菌糠代替青草粉，還是用5%的菌糠替代等量的麩皮，兔始終表現喜食，採食量增加，排糞正常，未發現異常情況；在家兔日糧中用25—35%的棉籽殼菌糠代替基礎日糧中的麩皮和玉米面，可使兔的成活率比對照組提高20—27%；用含粗蛋白6.25%、粗脂肪0.41%、粗纖維33.36%、無氮浸出物44.6%的菌糠代替25%和35%的精料餵兔，以精料(配方為豆餅20%、玉米55%、麥麩25%)為對照組的試驗表明，三組兔的日增重均無明顯差異。有人還比較了菌糠和微貯菌糠飼餵效果，結果發現用微貯菌糠飼餵組的增重效果較好，且每隻兔可盈利0.93元，有較好的經濟效益。說明在養兔生產中飼餵菌糠，既可增強兔的抗病力，又可節約麩皮類飼料。
4、奶畜：在奶牛日糧中添加5%和10%的菌糠替代等量的精料補充料，可分別提高產奶量4.85%和1.24%，乳脂率沒有顯著差異，飼料成本下降4.11%和8.21%。在奶山羊日糧中以食用菌糠全部代替氨化麥秸的試驗表明，飼餵菌糠可使產奶量提高19.4%，粗飼料利用率提高13.2%，使用效果較好。
5、魚類：在魚飼料中使用適量的菌糠代替麩皮，效果也較好，不但能滿足魚的生理營養需要，而且還可節約部份糠麩類飼料。用由棉籽殼97%、玉米粉2%、石膏1%、石灰1%組成的培養基的菌糠飼餵羅非魚的試驗表明，以30%的菌糠替代配方中等量的麩皮，不影響魚的增重與成活率，與對照組相比，飼料成本還下降了8.3%；用含40%、60%和80%的蘑菇菌糠的顆粒料餵非洲鯽魚，經45天飼養試驗，結果魚的增重率分別為77%、58%和12.5%，並經檢測，未發現魚體有任何病症，各組魚體均較健壯、肥滿。說明菌糠也是養魚的好飼料。
菌糠肥料
栽培過食用菌的菌糠，是很好的 有機肥料，日本人早就譽為“超級堆肥”。由於秸稈等農副產品所含難熔性 大分子化合物被菌絲體分解變成簡單可溶性物質，因而可以有效地提高被農作物吸收利用的養分。據測定，養菇後的廢棄培養料有機質含量高達30%以上，是秸稈直接還田的3倍，含氮量1.5-1.8%，高於鮮雞糞。利用這些廢棄物，通過微生物發酵技術，加工成一種新型多功能生物有機肥，不僅具有明顯的經濟效應，還具有明顯的生態和環保效應。菌糠肥施入土壤後，還可以進一步改善土壤的理化性質，增加土壤有機質含量，促進土壤腐殖質和團粒基團的形成與轉化，提高土壤保水性能和土壤肥力，促進農作物抗腐能力和增產。同時可以減少化肥的過量使用引起許多負效應，如土質污染、環境污染等。
此外日本採用食用菌下腳料中菌絲浸出物的稀釋液製成植物激素噴灑於黃瓜、西紅柿、茄子、扁豆等作物上能促進生長增加產量。
菌糠做沼氣
由於生產食用菌後的菌糠，纖維素及木質素等難溶性物質被降解，沼氣細菌可以直接利用。同時，秸稈物質的表面臘層被脫掉，因而可以充分地利用和分解，大大提高產氣率。
菌糠是理想的沼氣生產原料其中豐富的營養物質為產甲烷菌長期繁殖提供了基礎。菌糠易於粉碎的特點不僅可以縮短投料前的準備時間還能縮短發酵時間升高換料工作量。用菌糠生產的沼氣不僅可作為燃氣還可用於儲糧、水果保鮮等；沼渣可用於育秧沼液可用於浸種亦可作為豬飼料添加劑。食用菌菌糠作為沼氣原料可形成農作物-食用菌-沼氣-有機肥、飼料-農作物生物質循環利用的高效生態農業模型。
菌糠提取
菌糠還是提取 食用菌多糖、寡糖、多肽、 纖維素酶、歧化酶的好原料。
從食用菌菌糠中提取 SOD——超 氧化物歧化酶、纖維素酶的工藝，包括以下步驟：粗酶液的製備，超音波破壁、分離提純、色素去除等。本工藝以出完菇的菌糠為原料，可以將食用菌生產的廢料變廢為寶，提高了食用菌生產的經濟效益。也開闢了提取SOD的新途徑，填補了國內外SOD生產原料不足的空白，本工藝的特點是流程簡單，設備簡單，試劑簡單。
再種食用菌
菌糠可作為食用菌栽培的部分替代料。菌糠可替代木屑、棉籽殼和麥麩作為培養料，栽培秀珍菇、金福菇和鮑魚菇的生物效率分別達到64.95%、84.65%和70.49%,與木屑、棉籽殼和麥麩作為培養料差異不顯著。注意使用時最好挑選那些無霉變的廢菌棒，乾燥後敲碎、稱量，按配方要求加入。
（1）白靈菇菌糠栽培姬松茸配方：菌糠69%，稻草20%，過磷酸鈣1%，尿素0.5%，碳酸鈣1%，石膏1%，石灰2.5%。
（2）黑木耳菌糠栽培榆黃蘑配方：菌糠92%，麥麩5 %，石灰2～3 %，pH 9～10，含水量65%。
（3）菌糠代糞肥栽培雙孢菇高產配方：麥秸50%，菌糠40%，尿素1%，餅肥4%，石膏2%，碳酸鈣2%，過磷酸鈣1%，轉化率50%。
（4）香菇菌糠反季節栽培草菇配方：香菇廢菌糠60%，棉子殼20%，麥麩20%，適量生石灰，pH8～10。
（5）菌糠栽培雞腿菇配方：菌糠48%，木屑或草屑30%，麥麩10%，乾牛糞或乾雞糞6%，石灰2%，草木灰3%，石膏粉1%，尿素0.2%，含水量65%，拌勻後發酵，中間翻堆2～3次。
（6）平菇菌糠製作蘑菇菌種：選擇無污染的平菇生產下腳料菌糠粉碎，加入適量石灰、2%石膏、15%牛糞、35%豆餅粉，將輔料和菌糠均勻拌料，調節含水量達58%～60%，堆制1天，使水份均勻，然後裝瓶滅菌。
做活性炭
目前製作活性炭的菌糠多用木屑作栽培料的食用菌產生的菌糠，如香菇菌糠、黑木耳菌糠、滑子菇菌糠等。活性炭是一種重要工業原料，木腐菌轉化後的菌糠如香菇菌糠纖維素、木質素含量還十分豐富。
配製花土？
用菌糠配製花土，首先要將廢菌棒粉碎、曬乾，然後與其他原料混勻，混好後進行密封堆積發酵（25℃）。一般要發酵1個月左右，也可在發酵料里添加一些糞便，但發酵時間要長一些。堆料的含水量在70%左右。
但不同花卉添加菌糠的比例不同。草本花卉常用比例為：菌糠30%，園土50%，河沙20%。木本花卉菌糠40%，園土50%，河沙10%。溫室花卉常用比例為：菌糠40%，園土40%，河沙20%。這種混合花土pH在6～7，屬中性偏酸；花土基質疏鬆，養分含量高，濕潤、透氣適合大多數花木生長。
