福臨臨終時﹐遺命內大臣索尼﹑蘇克薩哈﹑遏必隆﹑鰲拜四人為輔政大臣﹐代理國政。輔政期間﹐繼續進行統一全國的鬥爭﹐派兵追擊南明永曆帝﹐康熙元年四月殺之於昆明。三年﹐派兵會同川﹑陝﹐湖廣三省兵圍攻鄂西堅持抗清的大順軍餘部﹐劉體純﹑郝搖旗﹑李來亨等戰死﹐又捕殺浙江海上堅持抗清的張煌言﹐大陸上的抗清鬥爭基本結束﹐清王朝從軍事﹑政治﹑經濟多方面對全國的統治逐步形成。在此期間﹐輔政四大臣中﹐逐漸形成鰲拜專權跋扈﹐欺凌幼主﹐結黨擅權的局面。六年﹐玄燁“躬親大政”﹐八年五月﹐清除鰲拜及其同黨﹐開始掌握實權。
完成國家統一玄燁親政後﹐先後平定“三藩”﹐統一台灣﹐並粉碎了西北厄魯特蒙古準噶爾部上層分子的分裂陰謀﹐基本上實現了國家的統一。
“三藩”都是降清的明將﹐吳三桂封平西王﹐留鎮雲南﹔尚可喜封平南王﹐留鎮廣東﹔耿仲明及其子死後﹐其孫耿精忠襲靖南王爵﹐留鎮福建。各擁重兵﹑勢力坐大﹐嚴重威脅清王朝的統治。康熙十二年﹐玄燁在戶部尚書米思翰﹑兵部尚書明珠等的支持下﹐果斷地下令撤藩﹐令“三藩”各率所部歸遼東。十一月﹐吳三桂舉兵反﹐主力出貴州﹐掠湖南﹐分兵攻四川﹑江西﹐不久﹐尚之信(可喜子)﹑耿精忠﹑廣西將軍孫延齡起兵回響。玄燁毅然命將出師﹐進行征討。在歷時八年的平亂戰爭中﹐年輕的玄燁表現出卓越的政治軍事才能。他利用政治分化和軍事壓力迫使尚﹑耿二藩脫離吳三桂﹐招降陝西從叛的王輔臣﹐同時迅速平定內蒙察哈爾右翼王子布爾尼叛亂和北京城內楊起隆反清起事以安定後方﹐從而使清軍得以集中力量與吳三桂主力相持於湖南﹐二十年﹐“三藩”之亂平定。
隨後﹐玄燁又進行了統一台灣的鬥爭。起用原鄭芝龍部將施琅為福建水師提督﹐準備進軍台灣。二十二年六月﹐施琅率領水師兩萬餘人﹐大小戰艦二百餘只﹐一舉攻占澎湖﹐台灣失去屏障﹐鄭氏軍事力量損失慘重﹐鄭克(成功之孫﹐鄭經之子)﹑劉國軒等向清軍投降。玄燁支持施琅在台灣設官兵鎮守的建議。否定了臣僚中棄而不守的謬見﹐在台灣設定一府三縣(台灣府及台灣﹑鳳山﹑諸羅三縣)﹐隸福建省﹐並設總兵﹑副將率兵駐守台﹑澎﹐使台灣重新統一於中央政府的管轄之下。
玄燁又集中力量與割據西北的厄魯特蒙古準噶爾部首領噶爾丹展開鬥爭。康熙二十七年﹐噶爾丹引兵三萬越杭愛山向喀爾喀蒙古土謝圖汗部發動進攻﹐喀爾喀各部敗潰﹐噶爾丹以追擊為名﹐直抵距北京七百里的烏蘭布通。玄燁決計親征噶爾丹﹐以“除惡務盡”。二十九年﹑三十五年﹑三十六年﹐三次親征﹐三十六年噶爾丹敗死。準噶爾對喀爾喀蒙古的侵擾被粉碎﹐喀爾喀各部得以返回原地。玄燁為加強對外蒙古地區的管理﹐沿襲了太宗皇太極以來的盟旗制度﹐採取聯姻﹑封爵﹑年班﹑圍班等措施﹐以密切與蒙古領主貴族的關係﹔特別是尊重蒙古族信仰的喇嘛教﹐以籠絡僧俗人等和廣大牧民。康熙三十年﹐玄燁率八旗勁旅前往多倫諾爾草原與喀爾喀蒙古諸部舉行多倫會盟﹐把對內蒙古的較嚴密的管理制度推及於喀爾喀各部﹐這對加強北部邊防﹐發展和鞏固統一的多民族國家﹐起了積極的作用。玄燁也十分注意西藏﹑青海問題﹐他深知西藏為蒙古各部尊奉的黃教(見格魯派)領袖地位的重要﹐對準噶爾﹑和碩特等部插手西藏而使其政治動盪保持警惕。五十二年﹐他冊封班禪呼圖克圖為班禪額爾德尼。五十七年﹐以皇十四子胤為撫遠大將軍﹐進藏擊敗入侵西藏的準噶爾部首領策妄阿拉布坦﹐使西藏暫時得到安定。
緩和階級矛盾﹐發展社會生產清初由於長期戰亂﹐社會生產凋敝。順治年間獎勵墾荒﹐但收效甚微。玄燁十分注意恢復和發展生產﹐與民休養生息。下令停止清初圈地弊政。為招徠墾荒﹐修訂順治年間的墾荒定例﹐由原來最高限六年起科﹐改為“通計十年﹐方行起科”。又規定地方官能招徠墾荒者升﹐否則罷黜。實行“更名田”﹐將明藩王土地給與原種之人﹐改為民戶﹐承為世業﹐使耕種藩田的農民成為自耕農。實行蠲免政策﹐以鼓勵農業生產。蠲免的種類大體上有﹕免徵荒地田賦﹑災荒蠲免﹑普免錢糧等。玄燁在位期間﹐蠲免次數很多﹐康熙二十四年至二十六年﹐先後將河南﹑直隸﹑湖北等九省田賦普免一周﹔五十年﹐又將全國各省錢糧分三年輪免一周。這在以往的歷史朝代是罕見的。五十一年二月﹐宣布“滋生人丁﹐永不加賦”﹐將全國人丁稅固定下來﹐減輕了農民負擔。經過幾十年的努力﹐全國墾田面積由順治末年的五億五千萬畝到康熙末年超過了八億畝﹐生產發展﹐階級矛盾得以緩和﹐人口迅速增長﹐出現了所謂的“康乾盛世”。
歷史上黃河經常泛濫成災﹐僅康熙元年至十六年﹐黃河大的決口六十七次﹐河南﹑蘇北廣大地區深受水患之苦。玄燁十分重視對黃河的治理﹐將“三藩”﹑河務﹑漕運列為三大要務。二十三年至四十六年﹐先後六次南巡視察河工﹐與河臣討論治河方案。他任命靳輔為河督﹐識拔和重用水利技術專家陳潢協助治河﹐這兩人勤勞任事﹐治河十餘年大見成效。玄燁自己究心於治河歷數十年﹐“凡前代有關河務之書﹐無不披閱”﹐有時親自進行試驗。他多次視察經常泛濫的永定河﹐通過治理永定河取得經驗。
籠絡漢族官吏﹑士大夫知識分子玄燁對漢族官吏﹑名士及一般士子﹐分別採取不同措施﹐羅致了封建統治所需要的人才。清初滿漢官員職掌相同而品級懸殊﹐這種民族歧視使不少漢官心懷怨望﹐不能盡心為清廷效力。為了安撫漢官﹐玄燁一再聲稱“滿漢皆朕之臣子”﹐“滿漢一體”﹐諭令“滿漢官員職掌相同﹐品級有異﹐應行畫一”。十六年﹐設定南書房﹐命翰林院詹事府﹑國子監官員輪流入值﹐以籠絡漢官。十七年﹐命開“博學鴻儒科”﹐以網羅負有盛名的碩彥鴻儒﹐入史館纂修明史。又吸收大量學者編纂各種圖書﹐著名的有《古今圖書集成》﹐分訂為六千一百餘冊﹐成為中國最大的一部類書。玄燁對程朱理學尤其用力提倡﹐特別尊崇朱熹﹐在他的獎勵提拔下﹐大批信奉程朱的“理學名臣”如李光地﹑魏裔介﹑熊賜履﹑湯斌﹑張伯行等都受到重用。這些措施起到了收攬漢官和漢族士子人心的作用﹐擴大了滿漢地主階級的統治基礎。清初一些以高風亮節相砥礪﹐遁跡山林不與清統治者合作的明遺民﹐他們的子弟或學生這時都紛紛出仕﹐或參與各類書籍的編纂。滿族與漢族及其它各民族的壁壘趨向瓦解﹐直至彼此融合。
清代嚴酷的文字獄也是從康熙朝開始的。康熙一朝大小文字獄不下十餘次﹐其中牽連較廣的大案有莊廷《明史》案﹑戴名世《南山集》案。文字獄是對文化思想進行嚴密控制的一種手段﹐這兩件大案都是由於著作中有眷念明朝的民族意識而引起的。康熙以後的雍正﹑乾隆兩朝﹐文字獄次數之多﹐株連之廣﹐處罰之嚴﹐都超過以往的朝代。
抗擊沙皇俄國的侵略其時﹐沙俄派遣哥薩克遠征軍侵擾黑龍江流域已達數十年﹐並在中國領土上修築尼布楚﹑雅克薩等城堡作為侵略據點。玄燁在平定“三藩”和統一台灣後﹐決心驅逐俄軍﹐收復失地。康熙二十四年至二十六年﹐組織了兩次收復雅克薩之戰。二十四年四月﹐命都統彭春﹑副都統郎坦﹑黑龍江將軍薩布素等率領水陸軍約三千人﹐自黑龍江城(今愛輝)出發﹐進圍雅克薩﹐俄軍統領托爾布津乞降﹐率部六百餘人撤往尼布楚。清軍平毀城堡後回師。不久﹐沙俄侵略軍重占雅克薩﹐次年五月﹐玄燁諭令薩布素等率部再次攻取雅克薩﹐鏖戰四晝夜﹐擊托爾布津﹐俄軍困守孤城。在沙皇政府請求下﹐清軍於二十六年夏撤圍。此後﹐兩國通過平等談判﹐於二十八年七月二十八(1689年9月7日)正式簽訂了中俄《尼布楚條約》﹐從法律上確定了中俄東段邊界。這是中國和西方國家簽訂的第一個條約。玄燁命在黑龍江重要處所建城駐兵﹐設定驛站﹐制定巡邊制度﹐有力地保障了東北邊境的安寧。
好學敏求﹐勤於政務玄燁自五歲開始讀書﹐學習勤奮﹐親政後﹐“聽政之暇﹐即在宮中披閱典籍﹐殊覺義理無窮﹐樂此不疲”。舉凡史乘﹑諸子百家﹑呂律﹑數理﹑佛教經論﹑道書﹐無不涉獵。九年十月﹐沿襲前代由經筵講官給皇帝講解經籍的制度﹐下令舉行“經筵大典”﹐此後﹐無間寒暑﹐非有特殊情況﹐從不間斷。十四年起﹐又規定在講官進講後﹐由他復講﹐君臣互相討論﹐從儒家經籍中”體會古帝王孜孜求治之意”。他提倡文學﹐優容文人。
玄燁對西方自然科學也有極濃厚的興趣。耶穌會傳教士南懷仁﹑白晉﹑張誠﹑安多等人應召為玄燁講解自然科學。他們獻給玄燁一批儀器﹐並為他編寫了實用幾何學﹑天文學等講稿。玄燁對數學特別愛好﹐對西方醫學也感到很大的興趣。
玄燁一生勤於政務﹐“未明求衣﹐辨色視朝”﹐御門聽政成為常朝制度。每日清晨至乾清門聽取各部院衙門官員分班啟奏政事﹐與大學士等集議處理折本﹐也能傾聽臣下意見﹐鼓勵各官大膽直言。有清一代封建皇權高度強化﹐皇帝“乾綱獨斷”﹐玄燁親理國政﹐遇事反覆思維﹐務期考慮周詳﹐故中年以前無大失誤。他注重實務﹐寬於御下。多次拒絕群臣疏請加上尊號。宮中用度也力崇儉約。
玄燁生子三十五人﹐長大成人的有二十人。康熙十四年﹐立皇子胤為皇太子﹐五十一年復以罪廢。將近四十年中﹐??由此產生諸皇子爭奪儲位的鬥爭﹐愈演愈烈。玄燁為此心力交瘁﹐喜怒失常﹐以至於為儲位之事殺戮大臣﹐上層統治動盪不安﹐玄燁再也無法集中精力處理政務﹐晚年吏治趨於廢弛﹐官場上貪風漸熾﹐府庫多有虧空。這是他一生中一大失誤。
玄燁統治時期﹐中國成為疆域遼闊﹑統一繁盛的國家﹐封建的經濟文化得到發展﹐伸向中國的西方早期殖民勢力受到遏制﹐開始了封建社會新的相對穩定時期﹐具有歷史進步意義﹐應予充分肯定。玄燁的詩文﹐輯為御製詩文四集。
