五口通商時期﹐外國商人憑藉他們的優越地位﹐在中國的進出口貿易中大量走私逃稅﹐嚴重影響中國的海關收稅。他們的領事和外交官把這種非法活動的產生﹐歸咎於中國海關行政人員的貪污和無能﹐為外國侵奪中國海關行政權設下伏筆。
1853年 3月(鹹豐三年二月)﹐太平軍攻克南京﹐上海震動。9月﹐小刀會在上海起義﹐設在英租界的中國海關遭到一群來歷不明的暴徒搶劫。接著英國水兵占據了劫後的海關官署﹐英國駐滬領事阿禮國藉口中國海關機構不復存在﹐遂與美法領事協商﹐宣布由各國領事代征海關稅餉。這個所謂領事代征制﹐是破壞中國海關行政權的第一步。
針對三國領事的越權行為﹐上海道台吳健彰向英方宣布:中國方面將向中國商人徵收全部關稅﹐並要求英商付清欠稅。阿禮國卻矢口否認英商的欠稅﹐並把中國方面自行向中國商人征稅說成是一種“敵對”和“侵略”的行為﹐表示英國方面不能同意﹐並威脅要進行報復。
中國方面為保證關稅收入﹐於1854年 2月在蘇州河北岸重設上海海關﹐隨後又在黃浦江的閔行鎮和蘇州河的白鶴渚設立兩個稅卡﹐徵收出口絲茶關稅。這些措施受到外國領事的反對。清政府迫於壓力﹐為了恢復海關稅款收入﹐於 6月29日(六月初五)派吳健彰與三國領事會談並達成八項協定﹐成立一個由三名領事代表組成的稅務司署。規定﹕作為單一體聯合行動﹐稅務司由三國領事各自挑選和推薦﹐由上海道台任命﹔稅務司在海關官署內擁有辦公室﹐得自由調閱﹑核對海關文書帳冊﹔所有海關公文非經稅務司副署﹐不得公布﹔任何裝卸貨物準單﹑稅款收據﹑結關準單或其它正式檔案﹐非經稅務司副署﹐不得簽發或使其生效。稅務司署的機構﹐包括由華洋人員組成的通事﹑文書和貨物檢查員一整套班子﹐以及由外國船員組成﹑外國船長指揮的武裝緝私船隻。所有附屬機構的華洋人員﹐一律由稅務司提名﹐由道台任命。他們擁有充分的權力和必要的手段檢查船隻的進出﹑貨物的裝卸以及報關結關等各項單據﹐偵察一切違章和作弊行為。海關稅務司的違法和瀆職﹐由道台和三國領事組成的混合法庭調查處理。非經混合法庭的判決或領事的同意﹐不得以任何方式解除稅務司的職務。稅務司署附屬機構全體華洋人員﹐在處理海關事務時﹐也必須對混合法庭負責。他們的去留必須經過稅務司的建議﹐由道台作出決定﹐而且不得遲延。
1854年7月12日﹐中國歷史上第一個外國稅務司在上海出現﹐執行中國海關行政的權力。
上海海關稅務司成立後﹐十年之中﹐稅務司制擴展到廣州﹑汕頭﹑寧波﹑福州﹑鎮江﹑天津﹑九江﹑廈門﹑漢口﹑芝罘(今山東煙臺)﹑淡水﹑台灣(台南)﹑牛莊等十三個通商口岸。稅務司的權力﹐也隨之日益擴大。1861年在各關稅務司之上﹐又設立一名總稅務司。第一任總稅務司是英國人李泰國。各級稅務司完全聽命於外國公使和領事﹐中國地方官甚至連將軍﹑總督都無權加以管束。總稅務司在海關範圍以內﹐享有絕對的統治權。
1863年11月(同治二年十月)﹐赫德接替李泰國任總稅務司。他在任職期間﹐不但把中國海關完全置於英國人控制之下﹐而且把他自己的活動﹐伸向中國的軍事﹑政治﹑經濟﹑外交以至文化教育各個方面。
海關稅務司的統治延續了將近一個世紀﹐民國期間開始關稅自主。中華人民共和國成立後﹐1950年﹐海關稅務司才真正結束。
