主要職責
根據以上職能調整，市衛生局加掛中醫藥管理局牌子後的主要職責是：（一）
（二）研究提出全市區域衛生規劃，統籌規劃與協調全市衛生資源配置，指導本地區域衛生規劃的實施。
（三）制定和實施全市農村衛生、婦幼衛生工作計畫；指導初級衛生保健規劃和母嬰保健專項技術的實施。
（四）貫徹預防為主方針，開展全民健康教育，制定對人群健康危害嚴重的疾病防治規劃，組織對重大疾病的綜合防治。
（五）研究指導全市醫療衛生機構改革工作；貫徹醫務人員執業標準；研究制定並監督實施醫療質量標準和服務規範；負責監督管理本區域內各級各類醫療機構，負責審核批准200張病床以下的醫療機構設定和註冊。
（六）依法監督管理采、供血工作及臨床用血質量。
（七）研究制定全市重點醫學科技、醫學教育發展規劃；指導醫療衛生新技術開發。
（八）監督管理傳染病、地方病防治和食品、職業、環境、放射、學校衛生工作；負責應由衛生部門管理和健康相關產品的審批和衛生許可證發放；負責職業衛生監察工作。
（九）制定全市衛生人才發展規劃；組織實施國家衛生人員職業道德規範；貫徹執行國家衛生機構編制標準和衛生技術人員資格認定標準。
（十）承擔市愛國衛生運動委員會日常工作。
（十一）組織調度全市衛生技術力量，對重大突發疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、病情的發生、蔓延。
（十二）貫徹落實國家中醫藥工作方針、政策和法規；促進中醫藥現代化，承擔樺甸市中醫醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等的監督管理責任。
（十三）根據國家、省、市關於衛生工作的方針、政策和法律、法規，負責衛生管理方面行政審批事項的受理和審批工作。
（十四）承辦市政府交辦的其他工作。
內設機構
根據以上職責，市衛生局設5個職能科（室）：（一）辦公室：
1、組織綜合調研，協調機關政務，制定機關各項工作制度；負責重要會議組織、檔案處理、檔案管理、機要保密、政務信息、行政信訪、督察督辦、新聞宣傳和機關事務管理工作。
2、負責系統黨的基層組織建設、宣傳思想政治工作、精神文明建設、行風建設和紀檢檢查工作；負責局機關幹部和直屬單位領導幹部管理；負責統戰、老幹部管理、綜合治理、工會、共青團、婦女和計畫生育工作;機關黨委負責局機關黨群工作。
（二）醫政科（中醫藥管理科）：
1、研究指導醫療機構改革；組織實施醫療和中醫機構發展規劃；貫徹醫療機構管理法規和服務標準；執行醫務人員執業標準和實施地方醫療質量標準和服務規範；監督醫療和中醫機構醫療服務質量；依法監督管理采供血和臨床用血質量；協助相關部門對重大人員傷亡事件組織緊急救護；負責醫療糾紛信訪工作；負責全市醫療機構的感染管理工作。
2、研究擬定農村衛生、社區衛生服務發展規劃和服務標準；研究基層衛生服務體系的改革；負責醫療機構日常活動的監督指導；協助登記管理機關查處醫療機構違反衛生、藥品法律、法規行為；負責管理醫療市場。
3、貫徹國家中醫、中藥、中西醫結合及民族醫藥方針、政策；制定中醫藥發展計畫並組織實施，促進中醫藥科研成果轉化，協調中醫現代化工作。
4、負責組織開展徵兵、招生體檢工作；協調和組織康復醫療工作。
（三）預防保健科（行政審批辦公室）：
1、組織實施有關衛生監督行政法律、法規，組織、協調、管理衛生監督工作；負責衛生監督工作的考核、評價、監察；負責衛生監督人員的培訓、考核、資格認證；負責職業衛生監察；負責各類衛生監督行政案件的審批和行政控制，依法組織對重大衛生監督案件、重大突發事件的調查處理並做出控制；受理衛生監督行政案件的複議；對預防性健康檢查單位進行資格認證和管理。
2、擬定傳染病、地方病、慢性非傳染性疾病及與公共衛生相關疾病的防治規劃和措施；組織對重大傳染病、地方病的綜合防治，組織調度技術力量，對重大疫情、病情實施緊急處置，防止和控制疫情、疾病的發生和蔓延。
3、指導初級衛生保健規劃的實施；擬定婦幼衛生和提高出生人口素質發展的規劃、措施和技術標準；監督母嬰保健專項技術的實施；統籌協調健康教育工作。
4、承辦市愛國衛生運動委員會日常工作。
5、負責衛生管理方面行政審批事項的受理和審批工作；負責組織協調行政審批事項的勘查、論證、審核等相關工作；負責有關行政許可證的發放工作；負責行政審批專用章的使用管理；負責行政審批事項的行政應訴；負責法律、法規、規章規定由衛生部門承擔的其他行政審批事項。
（四）財務審計科：
研究提出衛生事業發展規劃；統籌規劃與協調衛生資源配置；監督執行國家醫療衛生服務價格；負責衛生信息管理和統計工作；負責直屬單位的財務指導、監督、審計和基本建設、裝備、國有資產管理工作；負責機關的財務管理和後勤保障工作。
（五）人事監察科：
1、擬訂全市衛生人才發展規劃；負責機關及直屬單位幹部人事管理、勞動工資、保險福利、機構編制、法人登記、統計報表、考核獎勵、職稱晉升和專業技術人員、技術工人等級考核資格認定工作；負責衛生離退休幹部管理工作。
2、研究擬訂重點醫學科技發展規劃，組織協調重點醫藥科研攻關，推廣醫學技術成果、新技術的普及和套用；研究擬訂醫學教育規劃；負責衛生技術人員崗位培訓工作；制定並實施醫學人才培養規劃。
3、登記管理機關查處醫療機構違反衛生、藥品法律、法規行為；負責管理醫療市場。
4、檢查處理違反職業健康、無證照經營以及非法用工。
5、負責機關和直屬單位招商引資；編制全市衛生基本建設項目計畫並監督實施。
