《柯南》劇情背景
身為女明星的沙朗和工藤有希子一起向魔術師黑羽盜一（即Kid的父親）學習易容術，兩人因此相識。真實身份為黑衣組織殺手的沙朗殺害了一直在調查組織的FBI探員，即朱蒂的父親，並放火燒了朱蒂的家以毀屍滅跡，只有年幼的朱蒂倖免遇難，並被她父親的同事以“證人保護計畫”保護起來。新一和小蘭到紐約遊玩，有希子招待他們看百老會的歌劇“黃金蘋果”，在劇院門口兩人遇見並認識了沙朗，但是在歌劇開演前沙朗藉口有事先行離開。歌劇中發生謀殺案，新一協助破案後，有希子留下錄口供，讓兩人先乘taxi回酒店。路上兩人為找沙朗給蘭的手帕而下車，蘭先是遇見了正在追捕銀髮強盜的赤井秀一，後又在廢倉庫遇見受傷的，逃跑中的銀髮強盜。銀髮強盜在想將兩人滅口時因欄桿斷裂而從高處掉落，被蘭和新一所救，事後銀髮強盜被發現自殺，但是可疑的是現場所有的痕跡都被抹去。（按照後來劇情的說法，當時的銀髮強盜其實是沙朗為讓赤井秀一掉以輕心以便於刺殺而假扮的（但是好像仍沒有成功，自己還掛了彩），這也是為什麼現場所有的痕跡都被抹去的原因（當然真正的銀髮強盜早已被滅口並偽裝成自殺）。正因為沙朗被兩人救過命，所以日後才對兩人處處維護。事後她在和有希子的電話中提到的“看來我也有自己的天使”指的應該就是蘭（此後一直將蘭稱為天使）。另外故事最後提到赤井秀一和FBI在一起，暗示了他的身份）。 沙朗假造了自己的死亡，並以自己的女兒克麗絲·溫亞德的身份繼續生活下去，在組織里代號是“貝爾摩德”（即Vermouth，意為苦艾酒）（假造死亡的原因可能是身份暴露，不過她應該有過某種際遇，以至於真實的面貌也變得很年輕（可能和新一見面時候的樣子已經是化妝過的了），以後我們就稱她為“貝爾摩德 ”）。 工藤新一被黑衣組織攻擊，並被Gin強行灌下APTX-4869而變成了柯南。於是開始了名偵探柯南的第一話。
黑暗組織
黑暗組織(又 黑の組織、黑色組織、黑衣組織），柯南稱其為“烏鴉軍團”，是《名偵探柯南》中的一個籠罩在神秘色彩中的犯罪組織。
組織簡介主角工藤新一因為看到一位黑衣人同不明人士的非法交易而遭下毒，身體縮小成為一個七歲男孩。他更名為江戶川柯南，調查黑衣組織。這個組織的真實名稱一直是一個謎，在片中往往以“黑衣（黑暗）組織”、“組織”代稱。組織的組成結構和目的也不明顯。但可以肯定的是組織的勢力遍布日本和西方國家，並且有雄厚的產業。組織的成立時間不少於半個世紀（單行本19卷 FILe9 被狙擊的球 TV130 競技場無差別脅迫事件 前篇)組織的顏色是黑色（大部分的人都穿這個顏色的衣服）。組織里的人員的代號全部是酒名。
組織目的和計畫一直在招納醫學界和科學界有實力的年輕人入伍，以此來：
1 讓時間倒流，起死回生
2 研究危害人類的電腦程式
3...(未知)
APTX4869的研究研製也是上述的計畫之中的一項
目前出現的比較重要的組織成員包括：Gin（多數版本譯為 琴酒）Rye(赤井秀一、諸星大 ）（FBI在組織中的臥底，已暴露）、Vodka(伏特加)、皮斯克、Vermouth（貝爾摩德，莎朗·溫亞德，克莉絲·溫亞德）、Chianti（基安蒂）、Korn(科恩)、Calvados（卡爾瓦多斯）、Sherry（雪莉、宮野志保、灰原哀）（已背叛組織）、Kir（基爾）（CIA在組織中的臥底，水無怜奈被FBI送入醫院後昏迷不醒，醒來後重新回到組織里為柯南、FBI刺探情報）、Bourbon（波本）、IRISH（愛爾蘭）等。
成員介紹核心成員
| 代號 | 性別 | 姓名 | 年齡 | 簡介 | 登場情況 |
| 那位先生 | 不詳 可能為男性 | 不詳 | 不詳 | 即組織內成員對黑衣組織首領的稱呼。但他的身份一直是一個謎，即使在漫畫中也從未以組織首領的身份露面或者有過一個剪影。現在已知他所“寵愛的女人”是Vermouth。此外，在425 被組織的魔掌觸碰的瞬間中曾提到，他下令Vermouth協助暗殺任務。而且，組織的首領手機號碼在鳥取縣（TV387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音 尾奏曲 ）中由於Vermouth的電話被竊聽，從而得知，但因其危險性，被哀勸阻，所以柯南並沒有撥打此號碼。據說作者青山剛昌曾經在2006年的一次訪談中指出組織的首領其實是之前的漫畫中出現的人物，並得到了大部分柯南迷的支持，且由此產生了一些猜測。 | 未知、 存在是否已登場的疑問 |
| 琴酒 | 男 | 不詳，有猜測為黑澤 陣（從222-224 人魚失蹤記 系列推測） | 不詳 | 琴酒是組織中最早出現的人物，Vodka的大哥，似乎二人一直是同時出場。新一就是被他從背後打倒，再灌下了毒藥APTX4869。他的年齡、國籍和真名都是一個謎。永遠都是一身黑色長風衣，黑色的帽沿下披散的金色長髮（現在更多的是銀色長髮的出場），和一張總是那樣邪惡的臉。殘酷無情，極度冷靜，有著冷酷的眼神，右眼閃著寒光，殺過許多人也不在乎的樣子，在組織里似乎有極高的地位，只要達到他的地位就可以見到“那位先生”，主要負責很危險的暗殺和重要交易。和雪莉似乎有很深的關係，是個智慧型型的罪犯，和柯南多次交手都只吃過一次虧（M13 柯南用燈罩【而這個燈罩是被直升機掃射時擊中，掉在柯南身邊的】把他乘坐的直升飛機打了下來）。有一輛從德國買來的黑色保時捷，50年前的老款車，型號是356A，左撇子。勁敵為 赤井秀一（已知）、工藤新一、江戶川柯南 （未知，但推測可能是幫過SHERRY 的“偵探一樣的傢伙”） | 初登場： 漫畫：Vol.1 File.1 《平成的福爾摩斯》 TV：001 雲霄飛車殺人事件 劇場版： M5 |
| 苦艾酒（Vermouthベルモット 也譯貝爾 摩得 （貝爾摩德 | 女 | 莎朗·溫亞德（Sharon Vineyard）、 克莉絲· 溫亞德（Chris Vineyard 是通過易容分別演出， 與莎朗是母女 | 看起來是29歲，實際年齡至少40歲 | 從前的職業是演員。 擅長易容、射擊（槍法極準，光靠倒車鏡就能瞄準擊中）、變聲 最常說的一句話是“A secret makes a woman woman”。 簡述：組織重要人物之一，長得相當漂亮，頭腦冷靜，判斷力強，是組織中相當有實力的人，負責收集重要的情報。地位僅次於那位先生，還是組織BOSS所寵愛的人。曾經的公開身份是美國著名女演員，是工藤有希子的好友。習慣於單獨行動。深受組織“那位先生”的寵愛。曾化裝成莎朗·.溫亞德的女兒克莉絲·溫亞德以及小蘭學校的新出醫生，時而復出，時而隱退，行跡與想法都無法掌握猜度。把赤井秀一的存在視為“銀色子彈”的危險，視工藤新一為貫穿組織的第二發“銀色子彈”。二十年前殺死FBI探員朱蒂的父母，留下了一個帶有指紋的眼鏡，並因此而暴露身份。曾經幫過黑暗組織的一名成員皮斯克一回，一直在追查組織的叛徒雪莉，身手、智慧都在。種種詭異的舉動總是能讓人上乘。感到不寒而慄，但是對柯南和小蘭又極力的保護（原因是出於在先前被蘭新二人救過一命）並且已經發現柯南就是新一，灰原哀就是宮野志保，但未告知琴酒等人，似乎有叛變組織的傾向。 | 漫畫：Vol.24 File.8 《漆黑的葬喪行列》TV：176—178與黑暗組織的再會 |
| 伏特加（Vodka ウォッカ） | 男 | 不詳 | 不詳 | 琴酒的助手，也是早期登場的人物，GIN的貼身助手兼司機。新一當時便是目睹了他和不明男子的交易。Vodka長的非常壯，頭腦簡單，遇事沒有主見，做事稍嫌不細密，全聽琴酒的，尊稱琴酒為「大哥」。有一次險些中了柯南的計而暴露組織的情況，後由琴酒發現而得以彌補。 | 漫畫：Vol.1 File.1 《平成的福爾摩斯》TV：001雲霄飛車殺人事件 |
| 雪莉（Sherry シェリー） | 女 | 姓名：宮野志保 化名：灰原哀 | 17或18歲（有爭議） | 組織科學家宮野厚司的次女。美國留學後在組織里負責開發APTX4869，曾是組織里的相當重要的人物。但在組織殺害她的姐姐宮野明美後放棄研製作為抗議。在被組織處決前服下APTX4869自殺，卻變回小孩並逃出組織。現在化名灰原哀住在阿笠博士家中，和柯南一起生活並躲避組織的追殺。曾經在一次哀悼會中被皮斯克認出，並在短暫變回宮野志保後被琴酒槍擊。多虧得到柯南的幫助才得以逃出。 | 初登場：漫畫：18卷之FILE.6 《轉學生》 TV ：129 來自黑暗組織的女子 |
| 代號 | 簡介 | 概述 | 登場 |
| 龍舌蘭（Tequila テキーラ，死亡） | 不詳 | 組織人物之一，關西口音的大漢，在一次在和滿天堂公司職員交易的時候因拿錯箱子在與GIN通話時被誤炸而死。曾與電腦工程師板倉卓接觸過。 | 初登場：漫畫：Vol.12 File.4 《突如其來的遭遇》TV：054 電玩公司殺人事件 |
| 皮斯可（Pisco ピスコ，死亡） | 姓名：枡山憲三 年齡：71歲 職業：汽車公司董事長 | 組織人物之一，原名枡山憲三，身為汽車公司老闆的他是經濟界的巨子，同時也是為組織長年工作的老成員。他是宮野志保的父親宮野厚司的好友，所以經常能聽到一些開發中的藥物的事情。與組織老大關係密切，封住有受賄嫌疑問題的政治家吞口重彥口的人。暗殺宮野志保失敗。之後在哀悼會上舉槍射殺另一組織成員吞口重彥時被在場記者拍到。因過多的失敗，被琴酒所殺。 | 初登場：漫畫：Vol.24 File.8 《漆黑的葬喪行列》TV：176—178與黑暗組織的再會 |
| 卡爾瓦多斯（calvados カルバドス，死亡） | 不詳 | 組織人物之一，似乎是Vermouth的助手，是個槍法很準的狙擊手。所持來福槍、手槍、獵槍等各種武器。最喜歡用的是霰彈槍。頭次出場帶著6把槍，之後就被赤井秀一奪走了他身上的數把槍，並被打斷的雙腿。可是他身上仍剩餘一把手槍，在赤井秀一想把他帶回去作線索時自殺。 | 初登場：漫畫：File.433 《面具下的真相》TV：345 直面黑色組織的對決！滿月之夜的二元神秘事件 |
| 基安蒂（Chianti キャンティ） | 不詳 | 組織的優秀狙擊手，狙擊上限為650yard。因為Vermouth的行動害死了卡爾瓦多斯，所以對Vermouth非常反感。 | 初登場：TV： 425 黑色的衝擊！組織魔爪伸來的瞬間 |
| 科恩（Korn コルン） | 不詳 | 組織的優秀狙擊手，和基安蒂是搭檔，射擊能力也與她不相上下。似乎和之前死去的卡爾瓦多斯關係很好。同樣反感Vermouth。 | 初登場：TV：425 黑色的衝擊！組織魔爪伸來的瞬間 |
| 波本（Bourbon バーボン） | 應該就是傷疤男 | 謎一樣的組織成員，洞察力，蒐集情報力一流。 對他的認識之少可以說僅次於那位先生。最早的“登場”來自於水無怜奈在返回組織後給FBI的一通電話中。水無怜奈提到組織為尋找雪莉而派出了強大的偵探。這名偵探很可能是組織高層人物，但是連水無怜奈也沒有聽說過，而他的代號就是波本（Bourbon ，一種烈性美國威士忌）。 | 初登場：不明 |
| 代號：未知 姓名：宮野厚司（死亡） | 宮野志保的父親 | 科學家。在科學界以“被業界驅逐的瘋狂科學家”而知名。在發表會類的活動中遇到過阿笠博士，並表示過對阿笠博士的發明的興趣，是個相當直爽的人。在組織中與妻子一起進行“使死者復活的秘密藥物”的研究，在實驗中因事故死亡（根據組織的報告） | 在《夕陽染紅的女兒節人偶》中被灰原提到 |
| 代號：未知 姓名：艾蓮娜·宮野（宮野エレーナ 死亡） | 宮野志保的母親 | 英國人。從英國到日本留學時遇到厚司，此後結婚。雖然跟阿笠博士見過面，但因為其寡言少語，所以留下了不知道在想些什麼的印象。雖然在組織中被稱為地獄的墜落天使（HELL ANGEL），但把錄有自己聲音的錄音帶委託給宮野明美交給女兒志保。錄音帶里反映出其對女兒志保的事情非常重視的想法。性格憂鬱陰沉，與丈夫一同死亡。還有很多未可知之處，其真實身份也是個謎，但是從留給女兒的錄音帶中可以了解到她其實很關心小哀。 | 在《金錢買不到的友情》中被阿笠博士提到 |
| 代號：愛爾蘭（Irish，死亡） | 不詳 | M13黑衣組織派去警視廳的內奸，Vermouth幫其易容成松本警視。因GIN殺害尊敬如父的匹斯可，在通過指紋對比得知柯南真實身份後並未告訴GIN,想抓住柯南去見那位先生，來扳倒GIN……最後為了救柯南死於基安蒂的狙擊之下。 | 劇場版M13 漆黑的追蹤者（1次） |
| 代號 | 簡介 | 概述 | 出場 |
| 基爾（KIR キール） | 姓名：本堂瑛海 化名：水無怜奈 | 27歲的本堂瑛海事實上是CIA特工，為破壞組織而打入內部。她的父親伊森·本堂也是偵辦組織的CIA特工，在女兒身份暴露後自殺，並偽造成審問基爾卻反被她所殺的假象，使本堂瑛海躲過了組織的懷疑並得到BOSS的信任。她平時身份是日賣電視台的主持人。在一次暗殺政要的行動中因為事故被FBI當作組織成員擒獲，並一直在醫院偽裝昏迷。直到她“甦醒”後FBI才知道她的真實身份，並且將她送回組織繼續完成任務。但在剛回去不久時，在琴酒的要求下殺死了赤井秀一，打穿了秀一的肺部。而且貌似擊中的秀一的頭部。 | TV：425 黑色的衝擊！組織魔爪伸來的瞬間 |
| 代號：黑麥威士忌（RYE ライ） | 姓名：赤井秀一 化名：諸星大 死於《紅與黑的碰撞》504集 但生死有疑問 | FBI中厲害的搜查官，曾經在黑衣組織臥底，得到BOSS的賞識獲得代號黑麥威士忌。宮野明美的男友，為進入組織曾接近明美，不過假戲真做陷入情網，後無奈與其分手，似與明美的妹妹志保有很深的關係。作為臥底在組織待過三年，逐漸嶄露頭角成為重要骨幹成員，又因FBI安德魯·卡邁爾的失誤被迫逃離組織，之後回到紐約，追擊VERMOUTH，與黑衣組織的幾次交手都呈現較大的優勢，多次從槍口下救出灰原、柯南、毛利、JUDY、JAMES等人，組織BOSS及GIN認為他是可以射穿黑組織心臟的銀色子彈（SILVER BULLET），是一個頭腦一級，身手一級，槍法一級的人。平時總戴黑色針織帽，和GIN同為左撇子。在漫畫單行本57—58與組織會擊，為保護水無怜奈的臥底身份不被泄漏犧牲。有諸多猜測，但赤井秀一是生是死此後都是未知數。 | ​ |
| 代號：未知 姓名：伊桑·本堂（イーサン·本堂，死亡） | 現狀：四年前去世 身份：CIA（美國中央情報局）的間諜 親人：本堂瑛佑（兒子）、本堂瑛海[水無怜奈]（女兒）、妻子在十年前去世 | 第二代的日裔美國人，30年前加入CIA，成為諜報人員。一個不太愛說話的人，有時也被同事叫做坪內，石川。和同事一樣穿黑衣服，本堂瑛佑小時候有一段時間常帶兒子去大阪通天閣旁的御好燒吃飯，與老闆很熟，被本堂瑛佑不小心按了快門拍了一張照片（儘管他討厭拍照）。曾潛入組織，四年前被組織懷疑身份，為了保護自己的女兒（水無怜奈）而自殺。 | ​ |
（斜體字為有爭議的組織成員出場）
TV劇情
001 雲霄飛車殺人事件
013 奇怪的尋親殺人事件
054 電玩公司殺人事件
128 黑暗組織10億元搶劫事件
129 來自黑暗組織的女子 大學教授殺人事件
176 與黑暗組織的再會（灰原篇）
177 與黑暗組織的再會（柯南篇）
178 與黑暗組織的再會（解決篇）
230 迷一樣的乘客（前篇）
231 迷一樣的乘客（後篇）
272 急忙掩飾的忽略(後篇)
286 工藤新一紐約事件（事件篇）
287 工藤新一紐約事件（推理篇）
288 工藤新一紐約事件（解決篇）
289 光彥森林迷失記（前篇）（邵淵己一郎出場）
290 光彥森林迷失記（後篇）
307 沒有聲音的證詞（前篇）
308 沒有聲音的證詞（後篇）
309 與黑暗組織接觸（交涉篇）
310 與黑暗組織接觸（追擊篇）
311 與黑暗組織接觸（決死篇）
338 四輛保時捷（上）
339 四輛保時捷（下）
340 廁所隱藏的秘密（前篇）
341 廁所隱藏的秘密（後篇）
345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音 前奏曲
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和諧音 尾奏曲
425 黑色衝擊！黑暗組織魔爪伸來的瞬間
427 充滿神秘的上學之路（前篇）
428 充滿神秘的上學之路（後篇）
462 黑衣組織的影子 年幼的目擊者
463 黑衣組織的影子 奇妙的照明
464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑衣組織的影子 珍珠的流星
484黑色照片的行蹤（前篇）
485黑色照片的行蹤（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開端
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職
509 紅白黃色與偵探團
510 柯南VS W暗號之謎
511 推理對決！新一VS沖矢昴
542 讓魚兒消失的一角岩(前篇)
543 讓魚兒消失的一角岩(後篇)
563 偵探團VS強盜團(騷亂)
564 偵探團VS強盜團(沉默)
572 妖怪倉庫中的奪寶戰鬥(後篇)
578 召喚危機的紅色凶兆
579 黑與13的暗示
580 逼近黑色時刻
581 紅色的搖擺目標
漫畫
01/01 001 現代的福爾摩斯
01/02 002 變成小孩子的名偵探
12/04 114 突如其來的遭遇
12/05 115 炸彈的下落
12/06 116 柯南失算了
18/06 176 轉學生
18/07 177 黑衣女郎
18/08 178 秘密組織成員·
18/09 179 偽裝的少女
18/10 180 將死
19/01 181 為什麼？
19/09 189 被狙擊的球！
19/10 190 5萬6千名人質
20/01 191 遠方之眼
24/07 238 背叛的街角
24/08 239 漆黑的喪葬行列
24/09 240 不告而別
24/10 241 來自過去的子彈
24/11 242 白色世界
29/03 287 看不見的恐怖
29/04 288 危險訊號
29/05 289 光天化日下的埋
34/11 350 金蘋果（1）
35/01 351 金蘋果（2）
35/02 352 金蘋果（3）
35/03 353 金蘋果（4）
35/04 354 金蘋果（5）
37/05 377 黑暗的足跡（1）
37/06 378 黑暗的足跡（2）
37/07 379 黑暗的足跡（3）
37/08 380 白雪…黑影…
37/09 381 危險的相遇
37/10 382 順風車
38/01 383 新兵器！
41/10 423 到訪者留下的謎
41/11 424 小小密室的秘密
42/01 425 隱藏的真相
42/05 429 月圓之夜和黑宴
42/06 430 染血的幽靈船
42/07 431 隱形人出現
42/08 432 工藤新一登場
42/09 433 面具下的真相
42/10 434 腐壞的蘋果
48/09 499 門鈴怪客
48/10 500 新的黑衣組織成員
49/01 501 追蹤目標！
49/02 502 新的指令！
49/03 503 黑衣組織vsFBI
49/04 504 黑衣組織vsFBI
53/07 550 目擊者一人
53/08 551 釘子與蛇
53/09 552 錘子的真面目
53/10 553 不可思議的兼職
54/01 554 晚餐的選單
54/02 555 夢中之星
FILE.595 烏鴉之歌
FILE.596 第二條線
紅與黑的碰撞引
FILE.597 假患者
FILE.598 跟蹤，然後……
FILE.599 赤井的過去
FILE.600 孤注一擲
FILE.601 偽裝
FILE.602 最終手段
FILE.603 任務
FILE.604 姐弟
FILE.605 意外的嫌疑人
FILE.606 13日又是星期五
FILE.607 卡邁爾的過去
FILE.608 魔法的咒語
FILE.609 鋼楔
File.622 紅白黃色
File.623 黑白人
File.624 新鄰居
File.635 燃燒
File.637 噼里啪啦
File.638 紙飛機
File.639 信息
File.640 解救
File.664 一角岩
File.665 鯖魚?鯉魚?鯛魚?鮃魚
File.666 殺氣
File.680 與危險的二人同行
File.691 柯南VS偵探團
File.700 危險地帶
File.701 赤與13的暗示
File.702 炸彈犯的目的
File.703 暴風雪中的真相
File.704 寂靜的戰爭電影
劇場版：
2001 劇場版5：通往天國的倒計時（天國へのカウントダウン）
2009 劇場版13：漆黑的追跡者（漆黒の追跡者）
真人版
2.工藤新一的復活 黑暗組織的對決
對黑衣組織首領身份的猜測，一直集中在舊劇情人物和未出現新人物兩點上。工藤優作、黑羽盜一、阿笠博士、詹姆斯布萊克和毛利小五郎和另外幾個懷疑對象：
遠山刑警（遠山和葉的爸爸）、Mr正影（案件中提到的失蹤名魔術師，可能與盜一有關）、白鳥任三郎（可能不大，因為他的初登場是在劇場版，而柯南原作者青山剛昌是不過問劇場版的劇情的，也就是說一開始青山剛昌就沒想設計這個人物，他是後來隨著劇情發展才躋身到配角的）、烏丸蓮耶或其後人。
銀色子彈這個稱呼來自於貝爾摩德，貝爾摩德稱他們為打穿組織心臟的銀色子彈。
第一發
簡介：赤井秀一，充滿神秘感的FBI探員。他就好像是正義一方的GIN：冷峻，堅定，還有懾人的眼神。平時總喜歡戴著黑色的針織帽，槍法一流，可以在700碼以外打中狙擊步槍的瞄準鏡(TV425 黑色衝擊！黑色組織魔爪伸來的瞬間)，而且和GIN一樣，都是左撇子……
赤井秀一原本和GIN一樣是長頭髮，在新一變成柯南之前兩年以"諸星大"的假名潛入黑暗組織。這段時間裡，他和組織中的成員宮野明美（廣田雅美）交往（漫畫裡看得出交往疑似為了某種目的），並且和她的妹妹，組織的科學家宮野志保(灰原哀)有現在還不太清楚的關係(File 599,單行本V58，File 2 赤井秀一的過去)。赤井秀一依靠自己的能力在組織里獲得了很高的地位，得到了“Rye（黑麥威士忌）”的組織代號，已經達到了僅次於GIN的地位，就要可以見到組織的BOSS。因為一個FBI探員安德雷.卡邁爾的失誤，赤井秀一的身份暴露，最後成功逃出組織回到美國。在美國還偵辦過Vermouth化妝紐約殺人魔的案件(TV288 工藤新一NY事件（解決篇）)。因為赤井秀一的能力實在太強了，因此被組織認為是可以威脅組織生死存亡的"銀色子彈"。
明美在秀一逃離後一直試圖脫離組織與他團聚。一次任務之前，明美曾經給秀一發過簡訊:等脫離組織了，可以真正作為男朋友和我交往嗎？不幸的是，在那次事件中，明美最後被GIN殺死滅口(TV128 黑組織10億元搶劫事件)。赤井秀一為報復“戀人”，他剪掉了長發，不久之後便來到日本，繼續偵辦組織的案件。
不過在後來的漫畫中，赤井秀一死於水無怜奈（本堂瑛海）的槍下(File.608-609)。 後來出現了一個奇怪的大學生沖矢昴（File·622-624），多數人懷疑他就是赤井秀一。後死後的“秀一”再次出現在茱蒂的面前，不過已喪失記憶，臉部已有燒傷的痕跡，但在危急關頭“秀一”用自己準確的槍法救了柯南，在混亂的人群中消失了（File.677-679）。關於這個“秀一”至今身份不明，有人認為是真的，有人認為是波本，也有人認為是貝爾摩德。後來又出現（File.700~704）在關於赤井秀一的推理能力，大多數人認為和GIN應該差不多。
第二發
簡介：全日本很有名的高中生偵探工藤新一，被稱為“關東的名偵探”。但是因為目擊黑暗組織（後稱組織）的交易被發現而遭毒手，被黑暗組織精英琴酒強行灌下APTX4869（組織研發的藥物）後導致身體縮小，以“江戶川柯南”的身份暗中調查組織的活動。
在身體縮小之前，偵探名聲響譽全日本，幫助警方解決過很多棘手的案件，曾被譽為：“高中生名偵探”、“平成年代的福爾摩斯”、“日本警察的救世主”、“90年代的夏洛克?福爾摩斯”。 目暮警官更是對他信任有加。
而他能有今天的成就，多歸功於從小受到偵探小說家的父親的影響，家中的偵探類藏書的數目就很可觀，所以從小就喜歡玩偵探破案的遊戲和看推理小說，有了豐富的推理知識，而且是個鐵桿福爾摩斯迷。母親是原著名女演員——藤峰有希子（嫁給新一的父親後改名為"工藤有希子"）這也為新一變小後能成功的偽裝，並不被識破提供了有利的學習條件。
在2009年的第13部劇場版《漆黑的追蹤者》的結局裡，騎在機車上的Vermouth在目睹GIN的被迫墜機時說到：不愧是銀色子彈，真有一手！（第104分27秒）暗指代的就是柯南
在兩個半小時特別篇《黑衣組織滿月對決》里由Vermouth在最後提及--赤井秀一和工藤新一就是可以“兩發毀滅組織”的銀色子彈！
柯南中的FBI
組織簡介FBI的任務是調查違反聯邦犯罪法，支持法律。保護美國調查來自於外國的情報和恐怖活動，在領導階層和法律執行方面對聯邦、州、當地和國際機構提供幫助，同時在回響公眾需要和忠實於美國憲法前提下履
行職責。
在柯南中，調查並對抗黑暗組織和實行“證人保護計畫”是FBI的重點任務。
到了《名偵探柯南》TV版425集（黑暗衝擊！組織魔爪伸來的瞬間）中出現了最主要的三位FBI成員終於亮出全部身份，打消了之前所有對他們的懷疑和猜測。在紅與黑的系列中，搜查官安德魯·卡梅爾登場，並進一步揭開了FBI的任務。
FBI的成員自稱自己的組織為“事務所”。
茱蒂·聖提米利翁最早出現的FBI探員。帝丹高中二年級B班（也就是蘭新所在班級班）新來的英語老師，美國人。對於電動非常著迷、是個遊戲高手，槍法精準。真名：茱蒂·斯泰琳（參加FBI的證人保護計畫，改變過改變姓名地址）。真實身份是FBI情報員。
赤井秀一
化名：諸星大
身份：充滿神秘感的FBI探員，膽識過人，車技一流。曾以諸星大的化名混入組織，獲得很高的地位，得到Rye的代號。（VERMOUTH稱赤井秀一和工藤新一是可以穿透組織的兩顆銀色子彈。） 後身份被組織識破，女友身亡，被KIR擊中兩槍，現生死不明。
初登場：TV230 謎一樣的乘客(前篇)
詹姆斯·布萊克
表面上是一個慈祥的老人，出生於英國貝克街（就是福爾摩斯住所的所在街道），而在美國芝加哥成長。跟赤井秀一是舊識，是赤井秀一、卡邁爾和朱蒂的上司。FBI的BOSS。
安德魯·卡梅爾
又譯：安德魯·卡邁爾 FBI搜查員，擁有極好的駕駛技術，曾成功處理了寄到FBI的炸彈，立下大功。但也曾因小小失誤泄露赤井的臥底身份。
226 戰鬥遊戲的陷阱（前篇）（朱蒂老師玩電子遊戲）
227 戰鬥遊戲的陷阱（後篇）
230 迷一樣的乘客（前篇）
231 迷一樣的乘客（後篇）
254本廳刑事戀愛物語4 後篇 （赤井出現在佐藤和白鳥相親的地方，蘭想起似乎在哪見過此人）
258 來自芝加哥的男子（上集） （BOSS登場）
259 來自芝加哥的男子（下集）
270 犯罪的遺物 後篇 （片尾曲後出現赤井）
271 急忙掩飾的忽略（上集）
272 急忙掩飾的忽略（下集）
277 英語教師VS西部名偵探（上）
278 英語教師VS西部名偵探（下）
284 中華街 雨中的似曾相識（前篇）（開頭處看到雨的蘭想起了赤井秀一）
288 工藤新一紐約事件(解決篇) (遇見蘭)
308 無聲的證據 後篇 (在片尾曲後出現，與小蘭重逢在下雪的街頭
309《與黑組織的接觸 交涉篇 (赤井在開頭出現，延續上一集末尾)
311 與黑衣組織的接觸 決死篇 （赤井在片尾曲後又出現，灰原驚慌的回頭，赤井秀一已經消失）
336 東都顯影所的秘密 後篇（赤井在事件中派人全程監視跟蹤柯南灰原等人的行動)
338 4台保時捷（前篇）
339 4台保時捷（後篇）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（後篇）
345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重迷案
346 尋找P股上的印記（前篇）
347 尋找P股上的印記（後篇）
361 帝丹高中的學校怪談（前篇）
362 帝丹高中的學校怪談（後篇）
425 Black impact ! 被組織的魔掌觸碰的瞬間
462 黑衣組織的魅影 年幼的目擊者 （詹姆斯、赤井和朱蒂進行關於水無怜奈的對話）
491 紅與黑的碰撞 開始
FBI 成員們引
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職
508 KTV包房的死角（後篇）（柯南說FBI沒事）
509 紅白黃色與偵探團
563 偵探團VS強盜團(騷亂)
564 偵探團VS強盜團(沉默) （疑似秀一的人在劫持柯南的劫匪肩頭開了一槍，救了柯南）
578 召喚危機的紅色預兆
579 黑與13的暗示
580 逼近黑色時刻
581 紅色的搖擺目標
特輯
與黑衣組織的對決歷史 BLACK HISTORY
柯南中的CIA
組織概況 CIA中央情報局是美國政府的情報、間諜和反間諜機構，主要職責是收集和分析全球政治、經濟、文化、軍事、科技等方面的情報，協調美國國內情治單位的活動，並把情報上報美國政府各部門。它也負責維持在美國境外的軍事設備。中情局的根本目的，是透過情報工作維護美國的國家利益和國家安全。
在柯南主線劇情中CIA成員 以本堂一家為代表。父親伊桑·本堂 ，姐姐本堂瑛海，弟弟本堂瑛佑（508集透露即將加入CIA）。
CIA的成員自稱自己的組織為“COMPANY”。
伊桑·本堂第二代的日裔美國人，30年前加入CIA，成為諜報人員。被CIA派到日本調查組織的臥底。一個不太愛說話的人，有時也被同事叫做坪內，石川。和同事一樣穿黑衣服，本堂瑛佑小時候有一段時間常帶兒子去大阪通天閣旁的御好燒吃飯，與老闆很熟，被本堂瑛佑不小心按了快門拍了一張照片（儘管他討厭拍照）。四年前為了保護自己的女兒而自殺身亡。從他對水無的舉動上來看，他是一個考慮很全、思維相當周密的父親。
本堂瑛海
長相非常的漂亮（435 集注目於偵探團的採訪里元太他們都說希望是美女主播是水無怜奈，這可以看出她的長相是非常漂亮的，跟自己弟弟和去世的母親非常像。 ） 作為黑暗組織的高層成員（實際為臥底），組織代號為基爾（KIR）。其真實身份是CIA（美國中央情報局）諜報員 （同其父親） 在TV500集說出真相，並答應赤井秀一和柯南（工藤新一）幫助FBI獲取情報。 後透露了黑暗組織派出了高手——偵探波本（代號：Bourbon) ，來追查雪莉，即灰原哀的下落，讓FBI和柯南等早做準備。
本堂瑛祐（預備成員）
長相酷似姐姐本堂瑛海，頭腦聰明但反應遲鈍。現以轉校生，就讀於帝丹高中2年B班。暫住在父親的熟人處。
喜歡過毛利蘭（後因知道新一暴露自己身份而放棄追蘭），決心像父親和姐姐那樣加入CIA。
425 黑色的衝擊！被組織的魔掌觸碰的瞬間 429 再也回不來的二人（前篇）
430 再也回不來的二人（後篇）
446 被封印的西式窗戶（前篇）
447 被封印的西式窗戶（後篇）
462 黑暗組織的影子 年幼的目擊者
463 黑暗組織的影子 奇妙的照明
464 黑暗組織的影子 謎樣的高額報酬
465 黑組織之星 珍珠流星
479 和服部平次在一起的三天（柯南委託平次調查她）
484 黑色照片的行蹤（前篇）
485 黑色照片的行蹤（後篇）
485 黑色照片的去向（後篇）
491 紅與黑的碰撞 開始
492 紅與黑的碰撞 血緣
493 紅與黑的碰撞 絕叫
494 紅與黑的碰撞 冥土
495 紅與黑的碰撞 昏睡
496 紅與黑的碰撞 侵入
497 紅與黑的碰撞 覺醒
498 紅與黑的碰撞 攪亂
499 紅與黑的碰撞 偽裝
500 紅與黑的碰撞 遺言
501 紅與黑的碰撞 嫌疑
502 紅與黑的碰撞 潔白
503 紅與黑的碰撞 決死
504 紅與黑的碰撞 殉職
507 KTV包房的死角（前篇）
508 KTV包房的死角（後篇）(本堂瑛祐揭穿柯南就是新一的真相.)
509 紅白黃色與偵探團
563 偵探團VS強盜團(騷亂)
579 黑色13的暗示
580 逼近黑色時刻
581 紅色的搖擺目標
神秘組織
與《名偵探柯南》中的一大主角怪盜基德有關的一個組織，據說暗殺了因為偷竊珠寶卷入神秘組織中的第一代怪盜KID。組織的目的與正在尋找“潘多拉”寶石有關。第一代怪盜KID真實身份是黑羽盜一，著名的魔術師，但在多年前失蹤。他的兒子高中生黑羽快斗，是個熱愛魔術的少年，因為發現父親留下的密室，並知道了父親是被人殺害的，為了查明真相，他繼承父親怪盜的身份，以吸引殺父仇人的注意，從此化身為怪盜基德第二代，專門偷盜珠寶（但偷來的寶物不是半途丟棄，就是原封不動偷偷送回）。
目前柯南中未有明確情節透露（僅以基德每次還回寶物時說的“這不是我想要的寶石”為唯一參考）
他的對手是《魔術快斗》中的神秘組織。神秘組織的目標是名為潘多拉的寶石以求長生，但不確定是否此組織與黑衣組織相同。
