日本基督教史（にほんキリストきょうし）是指基督教傳入日本後的歷史。
歷史
西班牙籍天主教傳教士，耶穌會方濟·沙勿略首先將天主教信仰傳播到日本。1549年8月15日（聖母升天節），方濟各·沙勿略在日本朋友彌次郎的引介之下，攜同兩位耶穌會士（島來斯神父、斐迪南修士）經麻六甲海峽，輾轉抵達日本九州的鹿兒島。方濟各·沙勿略成為第一位踏上日本國土的天主教傳教士。年底，鹿兒島已經有一百五十人、附近地區有四百五十人領洗入教。
沙勿略登入日本後，馬上發現日本的情況和印度的大異其趣，日本人的生活習慣，思想文化原來比印度的複雜多了。他意識到不能把在印度使用的傳教方法搬到日本，在這裡首先必須學習日本語言，認識日本文化，哲學思想，並採用日本人的風俗習慣，而且要花費很長的時間才足以使一個人皈依基督。沙勿略從日本寫回歐洲的信立刻被公布出來，吸引了無數人的興趣，也產生極大的共鳴。一時，他被推崇為現代的傳教士。
儘管他得到地方大名的支持，並打算到京都謁見天皇並取得日本全國傳教之權，但兩者均未成功。於1551年離開日本，前往中國。這時日本有教友一千。
織田信長對從西洋傳來的基督教非常歡迎。織田信長在安土城設有基督教的教堂，並且容許基督教的傳教士到日本傳教。信長統治市民的政策相對豐臣秀吉和德川家康比較寬鬆，對基督教也不例外。所以在安土桃山時代的基督教發展十分蓬勃，直到江戶時代初期才逐漸減退。
豐臣秀吉時代開始後、基督教勢力擴大。十六世紀末葉相繼發生信奉天主教的吉利支丹大名與吉利支丹燒毀本地寺廟和神社並迫害僧侶的事件；相對的，各地信奉佛教或神道的大名迫害吉利支丹的事情也時有所聞。此外，葡萄牙商人將日本人當作奴隸販賣到海外的事情爆發後，豐臣秀吉遂於天正15年（1587年）頒布《伴天連追放令》，定天主教為邪教。不過著眼於南蠻貿易的實際利益，並未大規模地迫害該教。因此天主教仍在暗地裡布道傳教，受洗成為吉利支丹的日本人也不會被公家強迫還俗。不過，文祿5年（1596年）10月發生西班牙船艦“聖菲利浦號”漂流至土佐國的聖菲利浦號事件（（日文）サン＝フェリペ號事件），豐臣秀吉再度於12月8日頒布禁教令。耶穌會後進入日本傳教的方濟各會非常活躍，對於禁教令相當挑釁，故京都奉行石田三成下令逮捕京都內的方濟各會成員與基督徒，並予以處刑。
德川家康統一天下後，承認基督教傳播。德川幕府第三代將軍德川家光力主鎖國政策，1616年下令禁止長崎和平戶兩港口外的對外貿易。大名們失去貿易收入，轉向對領地民眾增加稅收來維持收入。島原藩主松倉重政於1621年開始建築島原城，並鎮壓天主教徒。1637年10月，島原的天草四郎時貞率領人民，包圍富岡城，爆發島原之亂。之後幕府軍連同九州眾大名，攻克原城。
幕府懷疑西方傳教士與起義有關，於是驅逐葡萄牙商人，並嚴格禁絕天主教。倖存的教徒被迫成為了地下教徒。寛永十年（1633年）江戶幕府採取鎖國政策後、頒布了“禁教令”。基督教信徒被迫更改信仰以及被流放到外國。後來江戶幕府為了阻止外國傳教，決意與親天主教的西班牙及葡萄牙斷交。
明治維新開始後，承認基督教傳播，完全保障宗教自由。
文獻
大貫隆他編、‘岩波キリスト教辭典’、岩波書店
太田淑子編、‘日本史小百科キリシタン’、東京堂出版
五野井隆史、‘日本キリスト教史’、吉川弘文館
‘日本キリスト教歷史大辭典’、教文館
中村健之介‘宣教師ニコライと明治日本’岩波新書、1996、ISBN4-00-430458-X
國際日本文化研究センター學術リポジトリ‘二十世紀初頭における転換期の日本カトリック教會-パリ外國宣教會と日本人カトリック者の關係を通して-’山梨淳著
國際日本文化研究センター學術リポジトリ‘映畫“殉教血史日本二十六聖人”と平山政十-1930年代前半期日本カトリック教會の文化事業-’山梨淳著
百年のめぐみカトリック淺草教會創立百周年記念志青山玄編著（1977年）
時の流れをこえてカトリック關口教會（1980年）
百年のあゆみ神田教會百年の歩み編集委員會（1874年）
つきじ百周年記念號カトリック築地教會（1978年）
カトリック麻布教會一八八九年-一九八九年麻布教會百年史編集委員會（1990年）
本所教會之百年本所教會百年祭志編集委員會（1981年）
南山神學第10號“明治・大正・昭和初期カトリック信徒の宣教活動”青山玄著（1987年）
フロジャック神父の生涯五十嵐茂雄著（1964年）
關口教會創立百周年記念日本近代カトリック資料集（2000年）
北方山草21號“文獻にみるフォーリー神父の北海道植物採取地”（2004年）
上智大學五十年史（1963年）
來日西洋人事典〔増補改訂普及版〕日外アソシエーツ武內博著（1995年）
日本に眠るパリ外國宣教會宣教師列伝武內博著
