設立依據
根據《中共廣東省委、廣東省人民政府關於印發〈廣東省人民政府機構改革方案〉的通知》（粵發〔2009〕8號）和《中共廣東省委、廣東省人民政府關於印發〈廣東省環境保護廳主要職責內設機構和人員編制規定〉的通知（粵發〔2009〕44號）》，設立廣東省環境保護廳，為省人民政府組成部門。
職責調整
廣東省環境保護廳（一）劃入的職責。
將原省環境保護局的職責劃入省環境保護廳。
（二）取消的職責。
已由省人民政府公布取消的行政審批事項。
（三）劃出和轉移的職責。
1．將已由省人民政府公布下放的行政審批事項交給市、縣環境保護行政部門。
2．將環境標誌認證、資質認可、草擬行業標準、行規行約制定、行業評比、業務諮詢、等級評定、公信證明、行業領域學術和科技成果評審等工作逐步交給社會組織。
（四）增加的職責。
1．許可權內的水污染物排放許可證審批和發放。
2．參與反生化、反核和輻射恐怖攻擊。
3．牽頭組織開展強制性清潔生產審核工作。
（五）加強的職責。
1．統籌協調環境政策、規劃和重大問題。
2．環境治理、污染減排和環境綜合執法。
3．指導、協調、監督生態與農村環境保護。
主要職責
廣東省環境保護廳（二）負責重大環境問題的統籌協調和監督管理。牽頭協調重大環境污染事故、生態破壞事件的調查處理和重點區域、流域、海域環境污染防治工作，指導協調全省重大突發環境事件的應急、預警工作，協調解決跨區域環境污染糾紛，指導、協調和監督海洋環境保護工作。
（三）承擔落實全省污染減排目標的責任。組織制定主要污染物排放總量控制制度並監督實施，提出實施總量控制的指標，督查、督辦、核查各地污染物減排任務的完成情況，牽頭實施環境保護目標責任制、總量減排考核並公布考核結果。
（四）指導並監督管理排污費的徵收和使用，會同有關部門管理省級環境保護資金。
（五）承擔從源頭上預防、控制環境污染和環境破壞的責任。受省人民政府委託對重大經濟和技術政策、發展規劃以及重大經濟開發計畫進行環境影響評價，對涉及環境保護的法規草案提出有關環境影響方面的建議，按管理許可權審批開發建設區域、項目環境影響評價檔案，負責建設項目竣工環境保護驗收。
（六）負責環境污染防治的監督管理。制定水體、大氣、土壤、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品、機動車等的污染防治管理制度並組織實施，會同有關部門監督管理飲用水水源地環境保護工作，組織指導城鎮和農村的環境綜合整治工作，牽頭組織強制性清潔生產審核工作，負責環境監察和環境保護行政稽查，組織實施排污申報登記、排污許可證、重點污染源環境保護信用管理等各項環境管理制度。
（七）指導、協調、監督生態保護工作。擬訂生態保護規劃，組織評估生態環境質量狀況，監督對生態環境有影響的自然資源開發利用活動、重要生態環境建設和生態破壞恢復工作，指導、協調、監督各種類型的自然保護區、風景名勝區、森林公園的環境保護工作，協調和監督野生動植物保護、濕地環境保護工作，負責全省自然保護區的綜合管理，指導、協調全省農村生態環境保護和生態示範區建設，監督生物技術環境安全，牽頭組織生物物種（含遺傳資源）資源保護工作，組織協調生物多樣性保護。
（八）負責民用核與輻射環境安全的監督管理。協助國家監督管理核設施安全，參與民用核事故應急處理，負責輻射環境事故應急處理，監督管理民用核設施、核技術套用、電磁輻射、伴有放射性礦產資源開發利用中的污染防治，參與反生化、反核和輻射恐怖攻擊工作。
（九）負責環境監測和發布環境狀況公報、重大環境信息。組織對全省環境質量監測和污染源監督性監測，組織對環境質量狀況進行調查評估、預測預警，組織建設和管理本省環境監測網和環境信息網。
（十）開展環境保護科技工作。組織環境保護重大科學研究和技術工程示範，參與指導和推動環境保護產業發展。
（十一）開展與港澳台地區及其他國家（地區）環境保護方面的交流與合作，協調本省有關環境保護對外合作項目。
（十二）組織、指導和協調環境保護宣傳教育工作。制定並組織實施環境保護宣傳教育綱要，開展生態文明建設和環境友好型社會建設的有關宣傳教育工作，推動社會公眾和社會組織參與環境保護。
（十三）承辦省人民政府和環境保護部交辦的其他事項。
內設機構
根據上述職責，省環境保護廳設14個內設機構：
（一）辦公室（與機關黨委辦公室合署）。
負責文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開等工作；負責機關和指導直屬單位的思想政治工作和黨群工作。
（二）規劃財務處。
組織編制環境功能區劃、環境保護規劃；審核環境保護專項規劃；編制環境保護任期目標和任務，承擔環境保護責任考核工作；承擔廳屬財務、國有資產管理工作；會同有關部門管理省級環境保護資金。
（三）政策法規處。
起草環境保護地方性法規、規章草案及規範性檔案；組織擬訂環境保護政策；承擔機關有關規範性檔案的合法性審核工作；承擔有關行政複議、行政應訴等工作。
（四）環境監測與科技標準處。
組織開展環境監測，實施環境質量公告制度；調查評估全省環境質量狀況並進行預測預警；組織建設和管理本省環境監測網和環境信息網；承擔環境保護科技工作；組織擬訂地方環境標準、環境基準和技術規範；會同有關部門開展強制性清潔生產審核工作；參與指導和推動環境保護產業發展。
（五）污染物排放總量控制處。
擬訂全省主要污染物排放總量控制和排污許可證制度並組織實施；提出總量控制計畫，承擔總量減排的調度、督查、督辦、核查及考核工作；擬訂並組織實施全省污染減排規劃；組織實施排污申報登記、環境統計和污染源普查工作。
（六）環境影響評價管理處。
承擔許可權內的規劃環境影響評價、政策環境影響評價、項目環境影響評價工作；對超過污染物總量控制指標、生態破壞嚴重或者尚未完成生態恢復任務的地區，承擔暫停審批除污染減排和生態恢復項目外所有建設項目的環境影響評價檔案的工作。
（七）水環境管理處（省珠江綜合整治工作聯席會議辦公室）。
監督管理全省水污染防治和水環境保護；監督飲用水水源地環境保護工作；指導、協調和監督海洋環境污染防治；承擔省珠江綜合整治工作聯席會議的日常工作。
（八）大氣環境與廢物管理處。
監督管理全省大氣、噪聲、光、惡臭、固體廢物、化學品以及機動車的污染防治；參與反生化恐怖攻擊工作。
（九）生態與農村環境保護處。
綜合管理全省自然生態環境保護和農村環境保護；組織編制生態保護規劃；組織開展全省生態狀況評估和生物多樣性保護、生物遺傳資源、農村生態環境保護工作；指導生態示範創建及農村環境綜合整治工作。
（十）核應急管理處。
承擔核事故預防和應急工作；組織制定並實施本省核應急預案及核電廠外應急計畫；審查民用核設施、核事故預防方案並督促檢查落實；審核設立和取消限制發展區的申請，並檢查實施；參與反核恐怖攻擊；承擔省民用核設施事故預防和應急管理委員會的日常工作。
（十一）輻射環境管理處。
監督管理輻射環境及核技術套用中的污染防治工作；承擔涉源單位輻射安全許可證的審批及放射性同位素的轉讓、轉移的審批和備案工作；承擔核技術套用、電磁輻射、伴生放射性礦物資源開發利用項目環評檔案審批、竣工驗收及其日常監管工作；負責輻射事故的調查處理，參與反輻射恐怖攻擊。
（十二）宣傳教育與交流合作處。
組織和協調環境保護宣傳教育工作；承辦廳新聞審核和發布；開展與港澳台地區及其他國家（地區）環境保護方面的交流與合作；協助國家開展環境保護國際條約的履約工作。
（十三）人事處。
負責機關和指導直屬單位的人事管理、機構編制和勞動工資等工作；承擔本省環保系統領導幹部雙重管理的有關工作；指導本省環保系統機構建設、隊伍建設和行政體制改革；負責機關和指導直屬單位的離退休人員服務工作。
（十四）環境監察局。
指導、監督、協調全省環境保護綜合行政執法工作；監督檢查環境保護法律、法規、標準的執行情況；組織協調全省重大環境事件的應急工作和調查處理；協調處理跨市環境污染事故和糾紛；組織實施建設項目環境保護“三同時”、竣工驗收等工作；監督檢查污染治理設施運行情況以及限期治理項目任務完成情況；指導全省排污申報核定以及排污費徵收管理工作並進行稽查；承辦重大環境信訪案件的調查處理；實施行政處罰。
人員編制
省環境保護廳機關行政編制99名，行政執法專項編制51名。其中廳級領導職數：廳長1名、副廳長4名、總工程師1名；環境監察局局長1名，正處級領導職數15名（含機關黨委專職副書記1名）、副處級領導職數25名。
職責分工
水污染防治與水資源保護的職責分工。
省環境保護廳負責水環境質量和水污染防治，省水利廳負責水資源保護。兩部門要進一步加強協調與配合，建立廳際協商機制，定期通報水污染防治與水資源保護有關情況，協商解決有關重大問題。省環境保護廳發布水環境信息，對信息的準確性、及時性負責。省水利廳發布水文水資源信息中涉及水環境質量的內容，應與省環境保護廳協商一致。
廣東省環境保護廳李清