劇情
主人公在城都地方的若葉鎮開始自己的旅行。首先要在空木博士處領取一隻初學者神奇寶貝。此時主人公有三個選擇：炎系的火球鼠，水系的小鋸鱷，草系的菊草葉。之後，玩家就可以開始旅行了。在旅行的途中，需要從坐落於各地的道館收集八個徽章來獲得挑戰神奇寶貝聯盟的資格，還需要與路上各式各樣的訓練家和野生神奇寶貝對戰，並且收服想要的野生神奇寶貝，組成自己的對戰隊伍。主人公也需要與邪惡組織火箭隊對抗，阻止他們復活的妄想。主人公還可能在遊戲中遇見傳說中的神奇寶貝，如水君，炎帝與雷公。運氣好的話還可以遇見鳳王與洛奇亞，這些遊戲要素都需要自己去發掘。
火箭隊以新面貌再度出現，雖然他們的首領坂木已經不在了。他們在本作中的首要活動地區為城都地方。主人公將在檜皮市首次對抗火箭隊，阻止他們切下呆呆獸的尾巴拿去出售。隨著劇情的發展，火箭隊的陰謀一點一點顯現出來。主人公需要搗毀他們在卡吉鎮的地下基地，從他們手中奪回被占領的滿金廣播電塔……
在冒險中，主人公還會碰見從燒焦塔甦醒的一隻傳說中的神奇寶貝，水君。在這個版本中還有一個新人物，米那君，夢想著能收服水君。
在稱霸神奇寶貝聯盟之後，主人公可以通過搭乘淺蔥市的阿哥號來到關都地方，在這片與城都地方連線在一起的地方再度展開新的冒險。同樣，這裡也有各式各樣的訓練家、野生神奇寶貝以及道館在等待著主人公。集齊十六個徽章之後，主人公將向著城都與關都的分界線處的白銀山前進。在那裡，小智正在靜靜地等待著主人公。
前去擊敗他吧，你將創造新的傳說。
和金銀版的不同
設計變化
桔梗市西邊新增了一片草地，並且在這裡可以捕獲卡蒂狗。這就使得沒有選擇炎系初學者神奇寶貝（在這個版本中是火球鼠）的玩家能夠比其他版本中更早地收服到炎系神奇寶貝。冰之通路的迷宮變化，並且內部結構改為冰結構。
燒焦塔全部重新設計。
神奇寶貝聯盟中渡的房間重新設計，現在玩家可以看見迷你龍的凋像。
雷公、水君和炎帝的戰鬥擁有特殊的戰鬥音樂。水晶版也是第一個與傳說中的神奇寶貝對戰會出現不同的戰鬥音樂的版本。
龍穴做了細微的調整：龍聖祠開放，聖祠後院添加了四棵鐵頭功樹。
首次添加了神奇寶貝的登場動畫，這個設計曾一度被廢除，直到綠寶石版才再度採用。
某些神奇寶貝的圖像重新設計，譬如黑魯加和雷公；狃拉、水君等在金銀兩版中共用同一圖像的神奇寶貝的圖像做了細微調整。然而大多數神奇寶貝仍舊沿用金銀版的圖像。
部份訓練家的台詞改變。
地點變化
狃拉出現在了冰之通路。在金銀版中，白銀山之前是無法遇見它的。
部份訓練家站立的位置做了調整。
關都地方的野生神奇寶貝分布稍許改動。
遊戲變化
玩家可以選擇女主人公，克麗絲作為自己的遊戲角色。這是第一個可以選擇女主人公的版本。
水晶版出現了米那君，以捕獲水君為自己的目標。
洛奇亞和鳳王均以等級60齣現在遊戲中。
鳳王不能被捕捉直到玩家捕獲了炎帝、水君、雷公。
阿露福遺蹟變更，增加了未知圖騰的出現率。
在日文水晶版中，如果玩家將在滿金市的神奇寶貝中心獲得的蛋兌換券交給飼育屋老夫婦，他們會送給玩家不可思議的蛋，這顆蛋有可能孵化出皮丘、皮寶寶、寶寶丁、巴爾郎、迷唇娃、電擊怪或小鴨嘴龍，並且有50%的可能性孵化出異色神奇寶貝；在英文水晶版中，飼育屋老夫婦會直接送給玩家不可思議的蛋，這顆蛋有14%的可能性孵化出異色神奇寶貝。
黃金市也有了很大的變化,神奇寶貝中心變成了多功能精靈中心(PCC)(就是可以用手機上網交換精靈的地方）
來到淺黃市,竟然發現有一座戰鬥塔(上網才有用).……
不能獲得的神奇寶貝
其他
由於第二世代的主角神獸為兩隻，所以是唯一以二級神獸作為主角的第三版本遊戲（不包括第一世代四版本的特殊情況）。由於盜版漢化的BUG，GS球可以通過檜皮鎮精靈中心得到。導致直接捕捉雪拉比。
