凝膠過濾法又稱分子排阻法， 這是一種高效分離純化蛋白質的方法。原理是不同的蛋白質分子對固定化在載體上的特殊配基具有不同的識別和結合能力。選擇與待純化蛋白質具有特殊識別和結合作用的配基，然後套用化學方法將該配基與載體共價連結。將這種有配基的載體裝入層析柱中，當含有待純化的蛋白質溶液通過層析柱時，該蛋白質即與配基發生特異性結合而被吸附在層析柱上，而其他蛋白質則流出柱外。被特異性結合在層析柱上的蛋白質，可以用適當的配體洗脫液洗脫。
缺點：從凝膠過濾的原理可知，蛋白質分子通過凝膠柱的速度(即洗脫體積的大小)並不直接取決於分子的質量，而是它的斯篤克半徑，利用凝膠過濾法測定蛋白質分子量時，標準蛋白質(已知分子量和斯篤克半徑)和待測蛋白質必須具有相同的分子形狀(接近球體)，否則不能得到比較準確的分子量。分子形狀為線形的或與凝膠能發生吸附作用的蛋白質，則不能用此方法測定分子量。而且柱子成本比較高，整個實驗過程耗時很長。
凝膠過濾法所用的介質為凝膠珠，其內部為多孔網狀結構。一定型號的凝膠網孔大小一定，只允許相應大小的分子進入凝膠顆粒內部，大分子則被排阻在外。洗脫時，大分子隨洗脫液從顆粒間隙流下來，洗脫液體積小，小分子則在顆粒網狀結構中穿來穿去，歷程長，後洗脫下來，洗脫體積大。
